من العلوم التي فتق أبوابها الامام الباقر (عليه السلام) علم الاصول وهو من أجل العلوم الاسلامية بعد علم الفقه لأن الاجتهاد يتوقف عليه فانه لا يكون المجتهد قد حصل على ملكة الاجتهاد حتى يجتهد في بحوث هذا العلم .

وقد اتفق البحاث والعلماء على أن الامام أبا جعفر (عليه السلام) هو اسبق من اسس هذا العلم وارسى قواعده يقول السيد حسن الصدر : ان أول من فتح بابه ـ أي باب علم الاصول ـ وفتق مسائله هو باقر العلوم الامام أبو جعفر محمد بن علي الباقر (عليه السلام) وبعده ابنه أبو عبد الله الصادق (عليه السلام) وقد امليا فيه على جماعة من تلامذتهما قواعده ومسائله جمعوا من ذلك مسائل رتبها المتأخرون على ترتيب مباحثه ككتاب اصول آل الرسول وكتاب الفصول المهمة في أصول الأئمة وكتاب الاصول الاصيلة كلها بروايات الثقات مسندة متصلة الاسناد إلى أهل البيت .