ظهرت موجات من الكفر والالحاد والزندقة في العصر الأموي حملها إلى البلاد الاسلامية بعض العناصر الحاقدة على الاسلام والباغية عليه وقد أعرضت الحكومات الأموية عن ملاحقة دعاتها مما أوجب انتشارها بين المسلمين وقد تصدى الامام أبو جعفر (عليه السلام) وولده الامام الصادق (عليه السلام) إلى تزيفها ونقدها وكان من بين ما عرض له الامام الباقر (عليه السلام) إلى الرد عليه ما يلي : إن الامام أبا جعفر (عليه السلام) كان جالسا في فناء الكعبة فقصده رجل فقال له : هل رأيت الله حيث عبدته؟

ـ ما كنت لأعبد شيئا لم أره .

ـ كيف رأيته؟

ـ لم تره الأبصار بمشاهدة العيان ولكن رأته القلوب بحقائق الايمان لا يدرك بالحواس ولا يقاس بالناس معروف بالآيات منعوت بالعلامات لا يجور في قضيته بان من الأشياء وبانت الأشياء منه ليس كمثله شيء ذلك الله لا إله إلا هو.

وأبطل الامام (عليه السلام) شبهات الرجل وفند أوهامه وقد بنى كلامه (عليه السلام) على الواقع المشرق من جوانب التوحيد وبهر الرجل من كلام الامام وراح يقول : {اللَّهُ أَعْلَمُ حَيْثُ يَجْعَلُ رِسَالَتَهُ} [الأنعام: 124] فيمن يشاء .

وقد انتشر الحديث عن ذات الله تعالى وأنها هل هي بسيطة أو مركبة وقد نهى الامام (عليه السلام) عن الخوض في ذلك وله بحوث كثيرة تتعلق في التوحيد .