من المؤسف حقا ان الزعيم الكبير محمد بن ابراهيم قد توفي و ذهبت معظم المصادر التأريخية إلى انه توفي وفاة طبيعية و عزت بعض المصادر وفاته إلى أبي السرايا فقد دس إليه سما فاغتاله ليتخلص منه و اكبر الظن انه توفي حتف انفه و لم يكن‏ لأبي السرايا أي ضلع فيها لأن الثورة كانت في بدايتها و ليس من الممكن بأي حال من الأحوال أن يقدم أبو السرايا على اغتياله في تلك الظروف الحرجة التي لم يتيقن فيها بنجاح ثورته.

و مهما يكن من أمر فان أبا السرايا قام بتجهيز الجثمان الطاهر فغسله و ادرجه في اكفانه و حملوه في غلس الليل البهيم الى (الغري) فدفنوه فيه‏  و رجعوا إلى الكوفة و في الصبح جمع ابو السرايا الناس و نعى إليهم الزعيم الكبير محمد و عزاهم بوفاته فارتفعت الأصوات بالبكاء و التفت إليهم قائلا: لقد اوصى ابو عبد اللّه إلى شبيهه و من اختاره و هو ابو الحسن علي بن عبيد اللّه فان رضيتم به فهو الرضى و إلّا فاختاروا لأنفسكم.

و ساد الوجوم في جميع قطعات الجيش و لم ينبس أحد ببنت شفة و انبرى العلوي محمد بن محمد بن زيد و هو غلام حدث السن فخاطب العلويين قائلا: يا آل علي إن دين اللّه لا ينصر بالفشل و ليست يد هذا الرجل - يعني أبا السرايا- عندنا بسيئة و قد شفى الغليل و ادرك الثأر.

و التفت الي علي بن عبيد اللّه فقال له: ما تقول يا أبا الحسن فقد وصانا بك امدد يدك نبايعك.

و اضاف يقول: ان أبا عبيد اللّه رحمه اللّه قد اختار فلم بعدم الثقة في نفسه و لم يألوا جاهدا في حق اللّه الذي قلده و ما رد وصيته تهاونا بأمره و لا ادع هذا نكولا عنه و لكن أتخوف أن اشتغل به عن غيره مما هو أحمد و أفضل عاقبة فامض رحمك اللّه لأمرك و اجمع شمل بني عمك فقد قلدناك الرئاسة علينا و أنت الرضى عندنا الثقة في أنفسنا.

ثم التفت إلى أبي السرايا فقال له: ما ترى أرضيت به؟.

و سارع أبو السرايا قائلا: رضاي من رضاك و قولي من قولك.

و جذبوا يد محمد بن محمد فبايعوه و قام محمد في الوقت بعزم ثابت فنظم شؤون حكومته و بعث عماله إلى الاقطار الاسلامية التي فتحها أبو السرايا و هذه المناطق التي بعث إليها عماله:

1- الكوفة: و قد ولى عليها اسماعيل بن علي.

2- اليمن: و قد ولى عليها ابراهيم نجل الامام موسى بن جعفر.

3- الاهواز: و قد جعل عليها زيد بن موسى.

4- البصرة: و قد استعمل عليها العباس بن محمد.

5- مكة: و قد جعل عليها واليا الحسن بن الحسن الأفطس.

6- واسط: و قد جعل عليها جعفر بن محمد بن زيد و جعل على شرطته روح بن الحجاج و اسند القضاء إلى عاصم بن عامر.

و ضربت النقود بالكوفة و كتب عليها الآية الكريمة {إِنَّ اللَّهَ يُحِبُّ الَّذِينَ يُقَاتِلُونَ فِي سَبِيلِهِ صَفًّا كَأَنَّهُمْ بُنْيَانٌ مَرْصُوصٌ} [الصف: 4] ‏ و أخذت الثورة تتسع في مناطق العالم الاسلامي فقد سئم المسلمون من الحكم العباسي و استجابوا بفرح و سرور الى الحكم العلوي.

و ادرك العباسيون الخطر الذي يهدد حياتهم و زوال سلطانهم فقد مني والي العراق الحسن بن سهل بهزيمة ساحقة فكتب إلى طاهر بن الحسين لينضم إليه الى قتال أبي السرايا و لكن كتبت إليه رقعة فيها هذه الابيات و قد اخفى صاحبها اسمه و هي:

قناع الشك يكشفه اليقين‏          و أفضل كيدك الرأي الرصين‏

تثبت قبل ينفذ فيك أمر            يهيج لشره داء دفين‏

أ تندب طاهرا لقتال قوم‏           بنصرتهم و طاعتهم يدين‏

سيطلقها عليك معقلات‏            تصر و دونها حرب زبون‏

و يبعث كامنا في الصدر منه‏     و لا يخفى إذا ظهر المصون‏

فشأنك و اليقين فقد أنارت‏        معالمه و اظلمت الظنون‏

و دونك ما تريد بعزم رأي‏        تدبره ودع ما لا يكون‏

و لما قرأ الحسن هذه الأبيات رجع عن رأيه و كتب إلى هرثمة بن أعين يسأله التعجيل في القدوم إليه و أوفد لمقابلته السندي بن شاهك و كانت بين الحسن‏ و هرثمة شحناء و تنافر فلما التقى به السندي و ناوله الكتاب فقرأه و قال: نوطئ نحن الخلافة و نمهد لهم اكنافها ثم يستبدون بالأمور و يستأثرون بالتدبير علينا فاذا انفتق عليهم فتق بسوء تدبيرهم و اضاعتهم الأمور أرادوا أن يصلحوه بنا لا و اللّه و لا كرامة حتى يعرف امير المؤمنين - يعني المأمون- سوء آثارهم و قبيح أفعالهم.

و تباعد عنه السندي و يئس منه و وردت عليه رسالة من المنصور بن المهدي فلما قرأها استجاب و قفل راجعا إلى بغداد فلما صار الى (النهروان) خرج البغداديون إلى استقباله و في طليعتهم الوجوه و قادة الجيش و حينما رأوه ترجلوا جميعا و نزل في داره و امر الحسن بن سهل بدواوين الجيش فنقلت إليه ليختار من الرجال ما شاء و أطلقت إليه بيوت الأموال و اخذ هرثمة يجمع الجيوش و يعد العدة لمناجزة أبي السرايا و لما كملت جيوشه و كان عددهم ثلاثين الف مقاتل ما بين فارس و راجل زحف بهم نحو الكوفة و اجتاز على (المدائن) فاستولى عليها و هزم عاملها ثم زحف نحو (الكوفة) و التقى جيشه بجيش أبي السرايا فالتحما و دارت بينهما معارك رهيبة و قد قتل من اصحاب ابي السرايا خلق كثير و قد انهارت قواه العسكرية و لم يعد قادرا على حماية (الكوفة) التي هي عاصمته فهرب نحو (القادسية) ثم منها الى (السوس) فاغلق اهلها عليه الأبواب و طلب أبو السرايا منهم أن يفتحوها له ففتحوها و وقعت الحرب بينهم و بين أهالي السوس فانهزم أبو السرايا قاصدا (خراسان) فنزل قرية يقال لها (برقانا) فخرج إليهم عاملها فاجتمع بهم و اعطاهم الأمان فاستجابوا له و في نفس الوقت ارسلهم إلى الحسن بن سهل و كان مقيما بالمدائن فلما انتهوا إليه أمر بقتل أبي السرايا فقتل ثم امر بصلب رأسه في الجانب الشرقي من بغداد كما أمر بصلب بدنه في الجانب الغربي من بغداد  و كانت المدة بين خروجه و قتله عشرة أشهر .

و انتهت بذلك هذه الحادثة الخطيرة و قد قتل فيها ما يقرب من مائتي الف مقاتل و مما لا شبهة فيه ان هذه الثورة و امثالها كانت ناجمة من سوء السياسة العباسية التي لم تألوا جاهدا في ظلم الناس و ارغامهم على الذل و العبودية للحكم العباسي.

و على أي حال فان الحياة السياسية في عصر الامام (عليه السّلام) كانت مضطربة و بشعة فقد شاعت الاضطرابات و انتشر التمرد على الحكم العباسي في معظم البلاد الاسلامية.