وصف المؤرخون محمد بن الحنفية بأنه من رجال الدهر في العلم و الزهد و العبادة و الشجاعة و هو من أفضل أولاد الإمام أمير المؤمنين بعد الإمامين الحسن و الحسين (عليهما السلام)‏ و كان ورعا واسع العلم‏ و قد مالت إليه القلوب‏ و قد دانت بإمامته فرقة من المسلمين سميت بالكيسانية و هي من أقدم الفرق الإسلامية و قد منحوه لقب المهدي الذي بشر به النبي الأعظم (صلى الله عليه و آله) و هو قائم آل محمد (صلى الله عليه و آله) الذي اخبر عنه (صلى الله عليه و آله) بأنه سيخرج في آخر الزمان فيملأ الأرض عدلا و قسطا بعد ما ملئت ظلما و جورا و كان ممن دان بإمامته الشاعر الإسلامي الكبير السيد الحميري و قد اعتقد ببقائه حيا و أنه مقيم بجبل رضوى و عنده عسل و ماء و قد نظم ذلك في هذه الأبيات الذائعة:

ألا ان الأئمة من قريش‏         ولاة الحق اربعة سواء

علي و الثلاثة من بنيه‏            هم الأسباط ليس بهم خفاء

فسبط سبط إيمان وبر       و سبط غيبته كربلاء

و سبط لا يذوق الموت حتى‏     يقود الخيل يقدمها اللواء

تغيب لا يرى فيهم زمانا           برضوى عنده عسل و ماء

إلا أنه لما تبين له الحق رجع عن معتقده و دان بإمامة الأئمة الطاهرين (عليه السلام)  و قد اعلن ولاءه للإمام الأعظم جعفر الصادق (عليه السلام) بقوله:

تجعفرت باسم اللّه و اللّه أكبر               و أيقنت ان اللّه يعفو و يغفر

و من المؤكد أن محمد بن الحنفية كان يدين بالإمامة للإمام زين العابدين (عليه السلام)  و لم يدع الإمامة لنفسه و إنما ادعاها الناس له و حاشا أن يدعي ما ليس له فقد كان من أشد الناس ورعا و من أكثرهم تحرجا في الدين و كان على بينة من أمر الإمامة في أنها ليست بيد أحد و إنما أمرها إلى اللّه فهو الذي يهبها لمن يشاء من عباده و هو على يقين أن إمام عصره هو الإمام زين العابدين (عليه السلام) و يقول الرواة : أنه جرى بينه و بين الإمام نزاع صوري حول الإمامة فاتفقا على المضي إلى الكعبة ليتحاكما عند الحجر الأسود و هو الذي يكون حاكما بينهما و إنما اتفقا على ذلك لبلورة الرأي العام و إرجاع القائلين بإمامة محمد إلى الحق و سافرا الى مكة فلما انتهيا إليها توجها نحو البيت الحرام و استقبل الإمام الحجر الأسود و دعا بهذا الدعاء:

اللهم إني أسألك باسمك المكتوب في سرادق المجد و أسألك باسمك المكتوب في سرادق البهاء و أسألك باسمك المكتوب في سرادق العظمة و أسألك باسمك المكتوب في سرادق الجلال و أسألك باسمك المكتوب في سرادق العزة و أسألك باسمك المكتوب في سرادق القدرة ؛ و أسألك باسمك المكتوب في سرادق السرائر السابق الفائق الحسن النضير رب الملائكة الثمانية و رب العرش العظيم و بالعين التي لا تنام و بالاسم الأكبر و بالاسم الأعظم المحيط بملكوت السموات و الأرض و بالاسم الذي اشرقت به الشمس و أضاء به القمر و سخرت به البحار و نصبت به الجبال و بالاسم الذي قام به العرش و الكرسي و بأسمائك المقدسات المكرمات المكنونات المخزونات في علم الغيب عندك اسألك بذلك كله أن تصلي على محمد و آل محمد .

و انطق اللّه الحجر الأسود من باب الاعجاز كما انطق عيسى بن مريم و هو في المهد صبي بان الامام هو زين العابدين و هو حجة اللّه على خلقه و أمينه على دينه و استبان بذلك الحق‏ و رجع حشد من القائلين بإمامة محمد إلى الامام زين العابدين و قد نظم هذه الحادثة الشاعر الكبير السيد الحميري:

علي و ما كان مع عمه‏           برد الإمامة عطف العنان‏

و تحكيمه حجرا أسودا           و ما كان من نطقه المستبان‏

بتسليم عم بلا مرية                إلى ابن أخ منطقا باللسان‏

شهدت بذلك صدقا كما            شهدت بتصديق آي القرآن‏

علي إمامي لا أمتري‏              و خليت قولي بكان و كان‏

و كان أبو خالد الكابلي يدين بإمامة محمد بن الحنفية إلا أنه رجع عن ذلك لما استبان له الحق و دان بإمامة الإمام زين العابدين (عليه السلام) و السبب في ذلك حسبما يقول الرواة: أنه قال لمحمد بن الحنفية : جعلت‏ فداك ان لي حرمة و مودة و انقطاعا اسألك بحرمة رسول اللّه (صلى الله عليه و آله) و أمير المؤمنين (عليه السلام)  الا اخبرتني أنت الإمام الذي فرض اللّه طاعته على خلقه؟ .

فأجابه محمد جواب المؤمن الذين لا يبغي إلا الحق قائلا: يا أبا خالد حلفتني بالعظيم الإمام علي بن الحسين (عليه السلام)  علي و عليك و على كل مسلم .

و أسرع أبو خالد نحو الإمام علي بن الحسين فاستأذن عليه فأذن له و قابله بحفاوة و تكريم قائلا له: مرحبا بك يا كنكر ما كنت لنا بزائر ما بدا لك؟ .

و انبرى أبو خالد بخضوع و اجلال قائلا: الحمد للّه الذي لم يمتني حتى عرفت إمامي .

و أسرع الإمام قائلا: كيف عرفت إمامك؟ .

- إنك دعوتني باسمي الذي سمتني به أمي!!! و قد كنت في عمياء من أمري و لقد خدمت محمد بن الحنفية دهرا من عمري لا أشك أنه الإمام حتى سألته بحرمة اللّه و حرمة الرسول و حرمة أمير المؤمنين فأرشدني إليك و قال: هو الإمام علي و عليك و على الخلق كلهم , و نظم السيد الحميري هذه الحادثة بقوله:

عجبت لكر صروف الزمان‏                 و أمر أبي خالد ذي البيان‏

و من رده الأمر لا ينثني‏                               إلى السيد الطهر نور الجنان‏