ان منطقة المدينة المنورة تخضع لظروف الجفاف الشديد الذي اختفت معه ظاهرة الانهار ذات الجريان الدائم او الفصلي، حيث تظل أودية المنطقة جافة طوال العام الا عندما تتساقط الامطار يحدث جريان مؤقت مصحوب بتعرية للأجزاء العليا من أودية المدينة يقابلها عملية إرساب في الأجزاء الدنيا من هذه الأودية إلا ان كميات المياه المختزنة تكون منخفضة، ويرد هذا إلى ضعف استيعاب هذه الطبقات، وندرة الامطار الساقطة على المنطقة مما يجعل المخزون عرضة للنفاذ دون ان يكون هناك تعريض.

ونتج عن ذلك ان اصبحت المدينة المنورة من المناطق التي تشكو قلة المياه وفي بعض أجزائها لا تشكو من قلة المياه وإنما من سوء نوعيتها وعدم ملاءمتها لكل الاحتياجات , وأوضحت الدراسات الهيدرولوجية التي أجريت على المياه في أحواض التصريف "ان مياه السيول تتصف بغزارة التصريف حيث لا تدوم أكثر من بعض ساعات، وعلى الرغم من ضآلة الأمطار الا انها تتجمع في الأودية التي تقطع او تحيط بالمنطقة ومن أهمها، قناة، العقيق، بطحان الذي كان مجراه يجتاح المنطقة السكنية من الجنوب إلى الشمال.

ومياه الشرب : كانت آخر المشاكل التي كانت تواجه سكان المدينة حتى أوائل الربع الأخير من هذا القرن (20 الميلادي)، وكانت مياه الأمطار مصدرا لشرب السكان والحجاج والمعتمرين الذي يفدون إليها ويمكثون بعض الوقت حيث كان في كل منزل تقريباً صهريج يملأ من مياه الأمطار، او يتم نقل المياه إليه من البرك التي تتكون خارج المدينة، اضافة إلى ذلك توجد آبار في معظم المنازل حيث تستخدم مياهها في الغسيل والاستحمام، أما مياه الشرب فتجلب من آبار مخصصة لذلك تقع في جنوب المدينة حيث المياه العذبة.

واعتمد سكان المدينة المنورة على "مياه العيون" وهذا المورد معروف في المنطقة من قبل العصر الاسلامي، وقد مر استخدامه بفترات من الازدهار والركود والجمود، وبلغ أوجه في العهد العثماني حيث بلغ عددها في المدينة المنورة في ذلك الوقت نحو (44) أربعا وأربعين عينا متركزة في منطقة العيون شمال المدينة. وكان لهذه العيون قنوات تمد مزارع النخيل بالمياه حسب اتفاقات معينة بين المستفيدين منها.

وكانت بداية تدهورها عام 1355هـ / 1935م بسبب سيل وادي العقيق الجارف المدمر، والذي رافقه زيادة في نزح مياه الآبار بواسطة الطلمبات مما أصاب منابع الآبار بالضعف والنضوب وتوقفت نهائيا مما نتج عنه دمار لعدد من مزارع منطقة العيون التي أخذت بالتحول التدريجي إلى منطقة عمرانية سكنية.

وقد جرت عدة محاولات خلال العقود المنصرمة لحل مشكلة المياه في المدينة عن طريق الاستفادة من مصادر المياه الجوفية،  والتي اخذت تنمو وتتطور على يد السلطات المتعددة التي مرت على حكم المدينة المنورة حتى أواخر العهد العثماني 1332هـ حيث تم نقل المياه إلى الاحياء عبر الشوارع حيث يتم توزيعها بواسطة (الكباسات) او الحنفيات، وتعتبر بداية لتوصيل شبكة المياه إلى المنازل والدوائر الحكومية.

وعندما تولت الأمور في المدينة المنورة "الحكومة السعودية" وضعت نصب عينيها موضوع حل مشكلة المياه في المدينة من خلال قيام وزارة الزراعة السعودية بالاستفادة من مياه الامطار عن طريق اقامة مجموعة من السدود على الأودية التي تجري في منطقة المدينة بهدف تخزين المياه لتساعد على رفع منسوب مياه الآبار إلى جانب الاستفادة منها في الشرب والزراعة ومن اهم تلك السدود "العاقول – الغابة – عروة – بطحان".

يضاف إلى ذلك القيام بالبحث عن مواقع للمياه جديدة، والإكثار من حفر الآبار، ومد شبكة المياه إلى جميع منازل المدينة، الا ان الآبار التي كانت تعتمد عليها العين الزرقاء أخذت بالنضوب مما جعل المدينة تعاني من نقص المياه شأنها شان مناطق المملكة الاخرى، ويتمثل في نضوب عدد مواردها المائية وعدم كفايتها للأغراض الاقتصادية، وقد ترتب على نمو المدينة عمرانياً وسكانياً بمعدلات عالية في السنوات الاخيرة حيث تزايدت حاجتها للمياه وتضاعفت معدلات استهلاكها خاصة في اشهر الحج التي يقفز فيها عدد السكان إلى أكثر من مليون نسمة، وكان من نتائج ذلك انخفاض منسوب المياه الجوفية، الأمر الذي دفع الجهات المختصة للبحث عن مصادر جديدة للمياه لتزويد المدينة المنورة بها واستقر الرأي على جلب المياه بعد تحليتها من البحر الأحمر.

والمصادر الحالية للمياه التي تسقى منها المدينة المنورة هي :

* الآبار وعددها 10 في منطقة قباء، 20 بئراً شرق قباء في حرة رهط، وتخضع منها المياه إلى خزانات ينقل ماؤها إلى المدينة بواسطة الأنابيب ويقدر انتاجها يومياً ما بين 20 – 30 ألف متر مكعب.

* محطة تحلية مياه البحر وأسوة بمدن الساحل السعودي الغربي تم انشاء محطة لتحلية مياه البحر شمال مدينة ينبع (41كم). وانتهت المرحلة الأولى في مطلع 1980م وبطاقة انتاجية قدرها 25 مليون جالون و200 ميجاوات كهرباء للمدينة المنورة في حين يستهلك باقي الكمية في مدينة ينبع البحر، وينقل الماء إلى المدينة بواسطة أنابيب سعتها 32 بوصة وطولها 176 كم عابرة جبال السروات في ارتفاعات متباينة يصل متوسطها إلى 800 متر فوق سطح البحر.