حدد العلماء في الوقت الحاضر فرعان أساسيان لعلم البيئة Ecology branches) همـا علـم البيئة الفردية (Autecology) وعلم البيئة الجماعية (Synecology). وتتركز اهتمامات العلم الأول على دراسة أفراد معينين أو نوع واحد أو يتعدى ذلك لدراسة مجموعة قليلة مترابطة من الأنواع تعيش مع بعضها وتتأثر ببعضها والبيئة المحيطة ويهتم الفرع الثاني في جميع نواحي الحياة بما في ذلك النباتات والحيوانات والعناصر اللاإحيائية البارزة في منطقة معينة، ويتعرض في دراسته إلى مجموعة من الكائنات تكون مجتمعاً، وقد يمتد إلى دراسة نظام بيئي مثل بيئة الأنهار وبيئة المستنقعات وبيئة الصحراء وبيئة الغابات وغير ذلك.

وقد اتبع بعض من علماء البيئة أسلوباً سهلاً في تقسيم علم البيئة إلى قسمين هما البيئة النباتية Plant) (ecology، والبيئة الحيوانية (Animal ecology) ونشأت بعد ذلك تخصصات دقيقة لبعض الفروع البيئية مثل علم البيئة القديمة (Paleoecology) وهو يدرس الظروف الحياتية والبيئية التي كانت سائدة في العصور القديمة. وعلم الجغرافية الحيوانية (Zoogeography)، وهو يبحث في الدراسة العملية للتوزيع الجغرافي الحيواني وعلم البيئة الفضائية وعلم البيئة الإشعاعية، وعلم الغابات، وعلم إدارة الحياة البرية، وعلم المياه العذبة (Limnology)، وهو دراسة مكونات المياه الحية وغير الحية، وعلم بيئة المحيطات (Oceanography)، وهو يدرس الظروف الحياتية وغير الحياتية السائدة في المحيطات والخلجان ومصبات الأنهار وغيرها.