الشفرة (Codon) عبارة عن تسلسل DNA من ثلاث قواعد يستنسخ في الmRNA (لكن بدل T يستنسخ U ) والذي يحدد نوع وموقع الحامض الأميني في البروتين المترجم. وفي العادة تتم القراءة بالاتجاه '3→ '5 في الmRNA، ويتم تحديدها حسب التكامل القاعدي بالأسلوب المتوازي المتضاد (Anti-parallel manner) بوساطة الشفرة المضادة ( Anticodon) الموجودة في الRNA t(بالاتجاه '5 →'3).

إن كل التشكيلات البديلة الثلاثية المحتملة للقواعد الأربع الداخلة في تركيب الDNA او الRNA تعطي 64 شفرة ثلاثية أو الأنواع الممكنة للأحماض الأمينية. كما أنه من بين هذه الـ64 شفرة يوجد ثلاث شفرات (UGA, UAG , UAA) والتي تدعى شفرات غير حساسة Non-sense (أي عديمة المعنى Meaning-less) وذلك لأنها لا تشفر إلى حامض أميني ولكنها تؤشر إنهاء الترجمة للـ mRNA.

وفيما يلي أهم صفات الشفرة الوراثية:

1-  التخصص أو عدم الالتباس Specific or unambiguous: إذ إن كل شفرة تكون متخصصة لحامض أميني مفرد، فمثلاً UUU تشفر إلى الفنيل الانين (Phenylalanine) فقط.

2- الانحلال Degeneracy: طالما أنه يوجد 61 شفرة وراثية تشفر للأحماض الأمينية، وأن كل حامض أميني قد يشفر له ببضع الشفرات . إن الـ 61 شفرة لا تتقسم بالتساوي على الـ 20 حامض أميني الداخلة في تركيب البروتين، فالأرجنين (Arginine) مثلاً يمتلك 6 شفرات، وهي AGG, AGA, CGG, CGA CGU)، في حين أن الميثيونين (Methionine) يمتلك شفرة واحدة فقط، وهيAUG  ، وهذا هو سبب تسمية الشفرة بالمنحلة (Degenerate) .

3- العمومية Universality: تكون الشفرة الوراثية عامة، أي تشخص الحامض الأميني نفسه في كل الكائنات الحية من الفايروسات والبكتريا والنباتات والحشرات إلى اللبائن. ولكن هناك استثناء في جينوم الميتوكوندريا، إذ تشخص AUA الميثيونين (Methionine) بدلاً من الآيزوليوسين (Isoleucine)، وتشخص UGA التربتوفان (Tryptophan) بدلاً من أن تكون شفرة توقف أو شفرة غير حساسة في الأنظمة الأخرى. كما أن شفرتي الأرجنين AGA و AGG تكون شفرتا توقف في جينوم الميتوكوندريا.

4-  عدم التداخل Non-overlapping إن شفرات الmRNA تقرأ بأسلوب مستمر بالاتجاه '3  →'5  بدون أي تداخل وبهيئة تسلسل من ثلاث قواعد، أي أنه لا توجد قواعد بين كل شفرتين متتاليتين، لذلك فإن إضافة أو إزالة أي قاعدة يؤدي إلى إزاحة إطار القراءة، ويؤدي ذلك إلى اختلاف كلّي من تسلسل الأحماض الأمينية. ولكن مع ذلك في الفايروسات الصغيرة، إذ تستخدم جينومها في كل اتجاه ممكن، ولذلك يوجد فيها جينات متداخلة، ولكن رغم هذا تبقى الشفرات غير متداخلة.

5 - عديمة الفاصلة Comma-less: إذ إن الشفرات تمثل تركيب مستمر بدون فواصل

 6- الترافق الخطي بين الجين والناتج Colinearity of gene and product: أي وجود تطابق خطي في التسلسل القاعدي في الجين والmRNA المستنسخ منه (بعد نضج وجهوزية هذا الـ mRNA مع تسلسل الأحماض الأمينية في البروتين ).