تعد عملية مكافحة النباتات الطبيعية من الآفات والأمراض صعبة ومعقدة وذلك بسبب المساحات الواسعة التي يشغلها الغطاء النباتي وضخامة حجم الأشجار في الغابات وضعف البيانات والمعلومات المتوفرة عن الآفات الحشرية والأمراض النباتية ولاسيما في منطقة الغابات فضلاً عن الآثار السلبية للمواد الكيميائية المستخدمة في مكافحة الآفات والأمراض النباتية والمتمثلة في تلوث البيئة وهجرة وإصابة وموت بعض الأحياء الحيوانية مما يؤثر في النظام البيئي. ولذلك يمكن مكافحة النباتات من المرض من خلال عمليات المراقبة المستمرة من قبل المتخصصين في علم النبات لغض التحديد المبكر لوقت لإصابة واستخدام المبيدات الكيميائية في وقت مبكر ومكان محدد وقدر محدود ومدروس وذلك لغرض تجنب انتشار هذه المبيدات على مساحة واسعة. كما يمكن معالجة الآفات طبيعياً من خلال العمل على زيادة الحيوانات التي تتغذى على الحشرات والفطريات المسببة لأمراض النباتات. كذلك يمكن استبدال بعض أنواع الأشجار والشجيرات المتواجدة في مناطق محددة المساحة كالمراعي الطبيعية بزراعة أشجار أكثر مقاومة للأمراض المتفشية في هذه المناطق.