تعتمد تقنية كروماتوغرافيا التبادل الايوني على الشحنة الكلية للبروتينات وان المبادل الايوني من نوع (الانيوني Anion) السالب يكون فيه عمود الفصل حاوياً على وسط او طور ايوني ثابت سالب الشحنة وطور متحرك ذي شحنة موجبة ، بينما المبادل الايوني الموجب (الكاتيوتي Cation) فان العمود يحوي على وسط او طور ايوني ثابت موجب الشحنة وطور متحرك ذي شحنة سالبة ، تشطف البروتينات المرتبطة بواسطة اضافة محاليل من كلوريد الصوديوم او بواسطة محاليل المنظمات المتناوبة في الاس الهيدروجيني PH . ان العمود الذي يحوي شحنة موجبة مثل DEAE-Cellulose يستخدم لاجل فصل البروتينات ذات الشحنات السالبة Anionic- protein  (Hames and Hooper, 2000). وتعتمد طريقة الفصل هذه على مدى الفة الجزيئات ذات الشحنة لمحلول ما نحو الارتباط بالطور الايوني الثابت وغالباً ما تستخدم طريقة كروماتوغرافيا لتبادل الايوني لفصل وتقدير الاحماض الامينية في سلاسل متعددة الببتيد بعد التحلل ، (المظفر ، 2000 ؛ فليح، 2000).