طريقة تحويرية لكروماتوغرافيا الإمتزاز حيث يتم الفصل استناداً الى ميل الايونات أو الجزيئات تجــاه المواد غير المتحركة (الطور) (الثابت) والتي تملك شحنات متميزة بها. فالايونات أو الجزيئات التي تحمل واحدة أو أكثر من الشحنات الموجبة تتبادل مع الشحنات السالبة في الراتنج Resin  (الطور الثابت) وتسمى هذه العملية بالتبادل الأيوني ذو الشحنة الموجبة Cation exchanger أما الراتنج الذي يحمل الشحنة الموجبة والذي يسمى بالمبادل الأيوني السالب Anion exchanger فيتجاذب مع الأيونات التي تحمل الشحنة السالبة أو بعبارة أخرى يسمى الراتنج السالب أو الموجب استناداً الى الشحنة التي يبادلها وليس الشحنة التـ يمتلكها الشكل (9-13). وتتكون مواد التبادل الأيوني عادة من المشتقات المحورة.

ومن الأمثلة على المبادلات الأيونية هي:

أ- الستايرين المتعـدد (بولي ستايرين Polystyrene الذي يحضر بطريقة البلمرة المشتركة Copolymerization وله عدة أنواع مثل :

45-Dowex-50, Dowex-1, Dowex-3, IR

ب- السكريات المتعددة تستعمل لفصل البروتينات والأحماض النووية وتحضر بإجراء بعض التحويرات الكيميائية لبعض أنواع السكريات المتعددة ومن الأمثلة عليها هي(الشكل 10-13):

DEAE Cellulose, DEAE- Sephadex, Carboxy methyl- cellulose, Phospho- cellulose

ان عملية التنقية باستخدام كروماتوغرافيا التبادل الأيوني تعتمد أساساً على التجاذب بين الشحنات المختلفة فيمكن التأثير على هذا التجاذب بزيادة الأس الهيدروجيني تدريجياً أو زيادة القوة الأيونية لمحلول الفــــصــل أو كلاهما معاً لزيادة كفاءة الفصل وتقليص الوقت. ويمكن استخدام التبادل الأيوني بكفاءة عاليـة علـــى نـطـــاق ل ضيق أو على نطاق واسع ويجري التطبيق على النطاق الواسع بالإزاحة الاختيارية Selective elution بالتبادل الأيوني على دفعات، وعلى سبيل المثال يتم إمتزاز الإنزيم بإضافة مواد التبادل الأيوني للمحلول وبعد ذلك توضع في أعمدة للتحكم في الامتصاص أو الفصل بالزيادة التدريجية في القوة الأيونية للمحلول أو الأس الهيدروجيني أو كلاهما.