بعد سقوط الحكم الجلائري وتسلط القوى الغازية الجديدة من القره قوينلو، سادت العراق حالة من الفوضى والتصارع العسكري فيما بينهم من جهة، وبين بقايا الجلائريين في العراق من جهة ثانية، وبقايا الامبراطورية التيمورية في فارس من جهة ثالثة، واصبحت السلطة معدومة واشبه ما تكون من دويلات المدن الى حكومة مركزية قوية، وهذا ما ساعد على افساح المجال بشكل اوسع امام الاحلاف القبلية العربية، لتكون صاحبة السلطة الحقيقية في البلاد، وقد تصدت تلك القبائل لسلطة المحتلين كما هو الحال في الحقب السابقة وبدأت بمد نفوذها وتوسيع سيطرتها باتجاه المدن العراقية التي بقي بعضها بيد القوى الاجنبية والقوى القبلية العربية الموجودة في هذه الحقبة تمثلت بمشيخات عديدة مثل مشيخة بني اسد في الاحواز، والمنتفك في الفرات الادنى، وعنيزة في ضواحي الانبار، وبنو شيبان في الموصل، وال جود، وال جحيش في جهات الحلة. وعلاوة على ال الفضل الطائيين في المناطق الغربية من الفرات وامارة المشعشعين التي تجمعت تحت نفوذها مجموعة من القبائل العربية مثل قبيلة عبادة وبني ليث وبني حطيط وبني سعد وبني اسد وفروع من بني طي. وقد اضطلعت هاتان الامارتان امارة ال فضل والمشعشعين بدور مهم في التصدي لحكم القره قوينلو، وفي الحقيقة لم يكن النشاط العسكري للطائيين جديدا وانما امتدادا لمقاومتهم السابقة في فترات الايلخانيين والجزائريين والتيموريين. ففي المناطق الغربية من العراق استطاعت قبيلة ال فضل ان تقيم امارة مركزها الرحبة وتضم كلا عانة والحديثة في الانبار لها كيانها المستقل عن دولة القره قوينلو ويتناوب رئاستها الامراء العرب أنفسهم. وكان نفوذ هذه القبائل يمتد احيانا الى مناطق اوسع من تلك التي تحت سيطرتها، الى مناطق تقع ضمن النفوذ السياسي للقره قوينلو، فهاجم عذرا بن علي بن نعير امير ال فضل مدينة الحلة عام 1421، على إثر خلاف وقع بين عرب ربيعة هناك، وقد تمكن من دخولها للحيلولة دون سقوطها بيد القره قوينلو، وعين فيها نائبا عنه لحكمها، وفعلا أخرت هذه العملية العسكرية سقوط الحلة بيد القره قوينلو مدة تقارب عشر سنوات. وقام الشيخ مدلج بن علي بمواصلة شن الهجمات ضد مراكز القره قوينلو. ففرضت الامارة بذلك وجودها ونفوذها على مناطق اعالي الفرات والحلة بفضل قواها العسكرية، وهذا ما جعل حكام القره قوينلو يسترضون شيوخ هذه الامارة ويستعينون بهم في نزاعاتهم الداخلية. ففي عام 1432 استقبل الشيخ حارث بن عذرا حاكم حديثة - الذي كان يتظاهر بالولاء لسلطة القره قوينلو - محمد شاه حاكم بغداد على إثر خلافه مع شقيقه اسبان فصحبه الى الموصل حيث تمكن الحاكم التركماني من الاستيلاء على الموصل واربيل، فاقطع الموصل للشيخ العربي. وقد ساعدت تلك النزاعات على استمرار وتوسيع نفوذ الامارة وتصاعد قوتها العسكرية حيث شمل علاوة على المناطق السابقة منطقة الجزيرة والموصل. والامارة العربية الثانية التي اضعفت وجود القره قوينلو في العراق وارهقتهم عسكريا فكانت امارة المشعشعين التي اسسها محمد بن فلاح المشعشع (1440-1461) الذي بدأ بالسيطرة على الحويزة التي كانت خاضعة لإيران عام 1441. وقد اتخذ المشعشع من مدينة الحويزة مركزا لنشاطه العسكري في مواجهة القره قوينلو والفرس، وبدأ يشن هجمات على البصرة وواسط والحلة ثم بغداد، وقد تمكن من اقامة امارة ضمت فضلا عن الاحواز العراق الاوسط والجنوبي تعاقب على حكمها اولاده واحفاده لفترة طويلة. من الجدير بالذكر ان المنطقة التي اختارها محمد بن فلاح المشعشع للقيام بحركته كانت عاملا مساعدا على نجاحها، وهذه المنطقة هي الجزائر (البطائح) التي تمتد بين واسط والبصرة والاحواز، وهي منطقة مستنقعات واسعة صعبة المنال لمن اراد التوغل فيها. وقد خشي حاكم بغداد اسبان بن قره يوسف من تعاظم قوة المشعشعين فزحف اسبان بجيشه باتجاه الحويزة وتمكن من السيطرة عليها، وعلى اثر ذلك اتجه محمد المشعشع الى منطقة الدوب وهي قرية تقع بين العمارة والحويزة، التي لم يكن بوسع اسبان الوصول اليها فتراجع نحو البصرة، اما المشعشع فقد قام بمراسلة غانم بن يحيى حاكم البصرة العربي، بشأن التعاون بينهما للقضاء على اسبان بيد ان امر هذه المراسلة قد وقع بيد اسبان، لكن محمد بن فلاح من جانبه هاجم السفن التي ارسلها اسبان من البصرة الى واسط وقتل من كان بها من جنده. وبدأت قوة المشعشع تزداد بعد عام 1450 بانضمام قبائل عربية جديدة تحت سلطته، ثم جهز جيشا على واسط فحاصرها وضربها بالمنجنيق وعين عليها شخصا لحكمها من قبله يدعى دراج. وفي عام 1454 توجه علي بن محمد المشعشعي بحملة عسكرية الى النجف. وبسبب هذا الواقع اضطرت حكومة القره قوينلو في بغداد الى ارسال جيش لمقاتلته بقيادة دوه بيك وانظمت اليه قوات عسكرية من الحلة وتمكن المشعشع من دحر قوات القره قوينلو وهرب قائد الحملة ومعه بسطام حاكم الحلة وقواتهم العسكرية، فتابع المشعشعون القوات المهزومة الى الحلة والحقوا بها هزائم جديدة فاضطر الحاكم بسطام الى الانسحاب الى بغداد. وواصل المشعشعون هجماتهم على المدن الخاضعة للقره قوينلو ففي عام 1456 توجه علي المشعشع الى مهرود وبعدها بعقوبة حتى وصل الى المدائن بالقرب من بغداد، ولم تقتصر عمليات الامير المشعشعي على العراق بل امتدت لتشمل شيراز عاصمة بير بوداق ولكنه لم يتمكن من احتلالها. وقد اتسع نفوذ المشعشعين على عهد محسن بن محمد بن فلاح (1461-1499) الذي امتدت املاكه الى انحاء واسعة من الاحواز ووسط وجنوب العراق وسواحل الخليج العربي. وقد تمكن الامير محسن المشعشع من الاستيلاء على الحلة قبل وفاة جيهان شاه وبقيت بيده الى عام 1467. ويظهر من العمليات العسكرية السابقة ان المشعشعين كان لهم التفوق العسكري على القره قوينلو من جنوب بغداد ووسط العراق والاحواز الى رأس الخليج العربي ووقوف امراء القره قوينلو عاجزين عن الحد من سيطرتهم ونفوذهم وايقاف عملياتهم العسكرية، ويدلل ذلك بوضوح على التطور الذي طرأ على الامكانية العسكرية للقبائل في ظل الامارة العربية، فلولا تنظيمها وحسن تسليحها وانضباطها لما استطاعت تحقيق هذه الانتصارات العسكرية على القره قوينلو. كما ان هجمات المشعشعين العسكرية على المدن والمناطق الريفية الاخرى في وسط العراق في حقبة الاق قوينلو لم تتوقف، اذ اغتنم الأمير محسن بن محمد المشعشع فرصة موت اوزون حسن عام 1477 فقام بالإغارة على اطراف الحلة وبغداد مهاجما كل المناطق التي كانت تقع تحت سيطرة حكام الاق قوينلو، وقد رجعت قوة المشعشعين دون أي مقاومة تذكر من حكومة الاق قوينلو في بغداد، هذا مما دفع الامير المشعشع الى مهاجمة الاق قوينلو فوصل في عام 1478 الى نواحي بغداد من جديد ودخل ديالى ومضى الى الخالص. لقد اثار امتداد نفوذ المشعشعين سلطات الاق قوينلو، لذلك فان السلطان يعقوب الذي أعقب والده اوزون حسن عام 1478 اتخذ اجراءات جديدة لمواجهتهم كان في مقدمتها عزل حاكم بغداد المسمى كلابي لاتهامه بالتقصير في صد الهجمات التي تعرضت لها بغداد. كما قرر السلطان يعقوب توجيه ضربة قوية للمشعشعين في عام 1484، فوجه القائد بايندر الى العراق للذهاب الى الجزائر عبر بغداد واوعز الى امراء فارس الاخرين بالتوجه الى الحويزة وشوشتر للتعرض لممتلكات محسن، المشعشع، ويبدو ان هذه الحملة قد تمكنت من المشعشع والحقت به هزيمة في عقر داره، فضلا عن ذلك فقد استغل يعقوب الخلافات التي وقعت بين محسن المشعشع واولاده فتدخل لمناصرة الامير حسن وأواه في بلاطه. وقد ظل المشعشعون يتمتعون رغم الحملة السابقة بنفوذ كبير في العراق والاحواز حتى عام 1508. وفضلا عن قوة المشعشعين اخذ نفوذ امراء العرب الاخرين مثل المنتفك في عهد سيطرة الاق قوينلو بالتزايد فاستولوا على الجزائر والبصرة الى حدود الرماحية والحلة. كما ظلت سيطرة ال فضل من الطائيين في اعالي الفرات وغربه هي الغالبة وهكذا ظل نفوذ الاق قوينلو ضيقا ومقتصرا على بعض المدن لا يستطيع التحرش بقوة تلك القبائل أو التأثير عليها.