منح هارون في خلافته ولاية العهد لابنه محمد الأمين  و هو من زبيدة و أخذ له البيعة من الناس وجعل عبد اللّه المأمون وهو من أُم فارسية ولي العهد الثاني بعد أخيه.

وفي عام 193 أخبر هارون بحدوث انتفاضة في مدن خراسان وانّ قادة الجيش ومع كلّ ما أبدوه من قساوة ووحشية عجزوا عن إخماد نارها وبعد استشارة وزرائه ومستشاريه رأى من الأفضل أن ينطلق بنفسه إلى تلك الديار ويستخدم قدرة الخلافة في ضربة واحدة لقمع الثورات وتمرد الخراسانيّين، فترك ابنه محمد الأمين في بغداد وأخذ معه المأمون الذي كان والياً على خراسان إليها، واستطاع هارون أن يعيد الاستقرار إلى خراسان المضطربة وأن يخمد نار الفتنة كما يقولون غير انّه لم يقدر بعدها على العودة إلى مركز الخلافة بغداد، ومات في الثالث من جمادى الآخرة من سنة 193 هجرية في طوس وترك الأخوين في حلبة الصراع والمنافسة .