ما ان تسنّم المأمون كرسي الخلافة بدأت صفحة جديدة من حياة الإمام تلك الصفحة التي عانى الإمام فيها الكثير من الآلام والأحزان لسنوات عديدة ؛ وكان غاصبو الخلافة سواء الأمويين منهم أو العباسيين أكثر ما يخافونه ويرعبون منه هم العلويون وآل علي أُولئك الذين يرى الناس أو الكثير منهم على الأقل انّهم أحقّ بالخلافة وانّهم كانوا يرون فيهم الفضيلة بكل أنواعها، ولهذا كان أولاد علي الكرام مضطهدين معذّبين من قبل الحكام والخلفاء دائماً ومستشهدين على أيديهم في النهاية غير انّ المأمون كان يُبدي حبّه للتشيّع أحياناً، وكان رجال جهازه الحاكم إيرانيين في الغالب، وهم يميلون إلى آل علي والأئمة الشيعة ويحبونهم بشكل خاص، ولهذا لم يكن بمقدوره أن يسجن الإمام و ينكل به كآبائه هارون والمنصور، ومن هنا اتبع أُسلوباً جديداً مع أنّه لم يكن أمراً حديثاً لهذه الدرجة وجرّبه الخلفاء السابقون غير انّه كان أفضل مظهراً وأقلّ محذوراً، ولذلك اتّبعه الخلفاء اللاحقون أيضاً .

قرر المأمون أن يستدعي الإمام إلى مرو مركز حكمه ويفتح معه صفحة صداقة وود مضافاً إلى الإفادة من مكانته العلمية والاجتماعية أن يجعله تحت مراقبته بشكل كامل.

وقد استدعى المأمون الإمام باحترام في البداية ودعاه أن يأتي مع سادة آل علي إلى مركز الخلافة ؛ فامتنع الإمام من قبول دعوته وأصرّ المأمون كثيراً على ذلك وتبودلت الكتب والرسائل بينهما إلى أن تحرك الإمام في النهاية مع مجموعة من آل أبي طالب باتجاه مرو .

وقد أمر المأمون الجلودي أو رجاء بن أبي الضحاك على قول الذي تولّى إحضار الإمام ومرافقته قافلته بأن لا يأل جهداً في إكرام الإمام وخاصته، غير انّ الإمام كان يبدي انزعاجه من هذه الرحلة وذلك توعية للناس ؛ وذات يوم لمّا أراد الانطلاق من المدينة جمع أهل بيته وطلب منهم أن يبكوا عليه وقال: أما إنّي لا أرجع إلى عيالي أبداً ثم دخل مسجد رسول اللّه (صلَّى الله عليه وآله) ليودعه فودّعه مراراً كلّ ذلك يرجع إلى القبر ويعلو صوته بالبكاء والنحيب .

وقال مخول السيستاني: بينما هو (عليه السَّلام) كذلك تقدّمت إليه وسلّمت عليه وهنّأته، فقال: ذرني فانّي أخرج من جوار جدي، وأموت في غربة، وأدفن في جنب هارون وكان الطريق الذي سلكه الإمام من المدينة إلى مرو هو طريق البصرة ، الأهواز، وفارس حسب أوامر المأمون ، ولعلّ ذلك كان لأجل إبعاد قافلة الإمام عن الجبل المناطق الجبلية التي تبدأ من همدان وحتى قزوين والكوفة وكرمنشاه وقم لأنّها كانت مراكز تجمع للشيعة .