جاءت الاخبار ان نافع بن الازرق جاء إلى محمد بن على  (عليهما السلام ) فجلس بين يديه يسئله عن مسائل في الحلال والحرام، فقال له أبو جعفر (عليه السلام) في عرض كلامه قل لهذه المارقة بما استحللتم فراق أمير المؤمنين (عليه السلام)؟ وقد سفكتم دمائكم بين يديه في طاعته والقربة إلى الله بنصرته؟ فسيقولون لك : انه حكم في دين الله فقل لهم : قد حكم الله تعالى في شريعة نبيه (صلى الله عليه وآله) رجلين من خلقه فقال : { فَابْعَثُوا حَكَمًا مِنْ أَهْلِهِ وَحَكَمًا مِنْ أَهْلِهَا إِنْ يُرِيدَا إِصْلَاحًا يُوَفِّقِ اللَّهُ بَيْنَهُمَا } [النساء : 35] وحكم رسول الله (صلى الله عليه وآله) سعد بن معاذ في بنى قريظة فحكم فيهم بما أمضاه الله، أوما علمتم ان امير المؤمنين (عليه السلام) انماأمر الحكمين ان يحكمان بالقرآن ولا يتعدياه، واشترط رد ما خالف القرآن من أحكام الرجال، وقال حين قالوا له : حكمت على نفسك من حكم عليك؟ فقال : ما حكمت مخلوقا، وانما حكمت كتاب الله، فأين تجد المارقة تضليل من أمر بالحكم بالقرآن، واشترط رد ما خالفه؟! لولا ارتكابهم في تدعيهم البهتان؟

فقال له ابوجعفر (عليه السلام) : كانت السماء رتقا لا تنزل القطر وكانت الارض رتقا لا تخرج النبات، فانقطع عمرو ولم يجد اعتراضا ومضى، ثم عاد اليه فقال له اخبرني جعلت فداك عن قوله عزوجل : { وَمَنْ يَحْلِلْ عَلَيْهِ غَضَبِي فَقَدْ هَوَى} [طه : 81] فقال ابوجعفر (عليه السلام) : غضب الله عقابه يا عمرو، ومن ظن ان الله يغيره شيء فقد كفر.

وقد روى محمد بن الحسين قال حدثنا عبدالله بن الزبير قال : حدثونا عن عمرو بن دينار، وعبدالله بن عبيد بن عمير، انهما قالا : ما لقينا أبا جعفر محمد بن على  (عليهما السلام ) الا وحمل الينا النفقة والصلة والكسوة، ويقول : هذه معدة لكم قبل أن تلقوني.

وروى ابونعيم النخعي عن معاوية بن هشام عن سليمان بن قرم قال : كان ابوجعفر محمد بن على  (عليهما السلام ) يجيرنا بالخمسمائة درهم إلى الستمائة  إلى الالف درهم، وكان لا يمل من صلة الاخوان وقاصديه ومؤمليه وراجيه.

وروي عنه (عليه السلام) انه سئل عن الحديث يرسله ولا يسنده، فقال : اذا حدثت الحديث فلم أسنده فسندى فيه أبى عن جدى عن أبيه عن جده رسول الله (صلى الله عليه وآله) عن جبرئيل (عليه السلام) عن الله عزوجل.

وكان (عليه السلام) يقول : بلية الناس علينا عظيمة، ان دعونا هم لم يستجيبوا لنا، وان تركنا هم لم يهتدوا بغيرنا.

وكان (عليه السلام) يقول : ما ينقم الناس منا، نحن أهل بيت الرحمة، وشجرة النبوة ومعدن الحكمة ومختلف الملائكة، ومهبط الوحى.

وتوفي (عليه السلام) وخلف سبعة أولاد، وكان لكل واحد من اخوته فضل وان لم يبلغ فضله، لمكانه من الامامة، ورتبته عند الله في الولاية، ومحله من النبى (صلى الله عليه وآله) في الخلافة، وكانت مدة امامته وقيامه في مقام ابيه  (عليهما السلام ) في خلافة الله عزوجل على العباد تسع عشرة سنة.