إن العديد من الملوثات على اختلاف أنواعها تؤثر سلباً على نوعية المياه وعلى التربة التي تطرح إليه ، وتقسم هذه الملوثات إلى ما يلي :

- الأحياء المجهرية : يعد الماء بصورة عامة وسطاً جيداَ لمعيشة البكتيريا ونموها لذلك فأن معظم المياه الطبيعية تحتوي على أنواع متعددة من الإحياء المجهرية المختلفة قد تحويها مياه الصرف بشكل كبير وتكون البكتيريا بصورة عامة ممرضة أو غير مسببة للأمراض ، تعيش البكتيريا عالقة في عمود الماء أو مستقرة في طين القاع أو فوق النباتات والحيوانات المائية وهنالك علاقة طردية بين عكرة الماء ونسب مقدار ما يوجد من البكتيريا فيه وتقسم البكتيريا إلى قسمين في الماء هي البكتيريا الهوائية التي تحتاج في وجودها إلى أوكسجين وقد تحصل على تغذيتها داخل الماء من أكسدة مركبات غير عضوية مثل بكتيريا الحديد وبكتيريا الكبريت أو أكسدة مركبات عضوية وتحويلها إلى مواد لا عضوية وعضوية بسيطة التركيب.