فواصل النسخ الداخلية (Internal Transcribed Spacer ( ITS

تواليات تفصل بين تواليات 16S rRNA و 23S rRNA في اوبرون rrn وهي منطقة غير مشفرة . في الخلايا حقيقية النواة توجد منطقتين ITS1 تقع بين 18S و 5.8S لجينات rRNA و ITS2 تقع بيم 5.8S و 25S في النباتات او 28S في الحيوانات

تستعمل تواليات هذه المناطق في التصنيف ولايجاد العلاقات التطورية الجزيئية وذلك لانها سهلة التضخيم نظرا لوجود اعداد كبيرة من rRNA Genes وتحوي على تغاير عالي حتى بين الانواع القريبة من بعضها ، وهذه المناطق تظهر بعض التغاير في بعض المجاميع البكترية ( α-Proteobacteria ) وتستعمل في عملية التنميط الجيني Genotyping . وتستعمل المنطقة لسهولة الحصول على نسخ منها باستعمال تقنية PCR ، ونتائج تحليلها تكون أكثر حساسية من التحليلات التي تجري على 16S rRNA . ولوحظ ان حدوث طفرات في هذه الفواصل الداخلية يضفي صفة المقاومة لبعض المضادات الحيوية مثل مجموعة Macrolides و Aminoglycosides