تم إقامة المدرسة المستنصرية على مساحة 4826م2 ، بموقع جغرافي يتميز بإطلالة على شاطئ نهر دجلة، إلى الجوار من قصر الخلافة، وعلى مسافة قريبة من المدرسة النظامية، أما من الداخل، كانت المدرسة تحتوي في منتصفها على نافورة كبيرة تضم ساعة المدرسة المميزة، حيث كانت هذه الساعة دلالة هامة على تقدم العلم لدى العرب آنذاك، إذ كانت تعلن أوقات الصلاة طوال اليوم.