جيء بالجثمان العظيم في وسط هالة من التكبير والتحميد الى بقيع الغرقد فحفروا له قبرا بجوار قبر عمه الزكي الامام الحسن بن علي سيد شباب أهل الجنة وأنزل الامام الباقر جثمان أبيه فواراه في مقره الأخير وقد وارى معه البر والتقوى والحلم ووارى روحانية الأنبياء والمتقين , وبعد الفراغ من دفنه هرع الناس نحو الامام الباقر (عليه السلام) وهم يرفعون له تعازيهم الحارة ويشاركونه في لوعته واساه والامام مع أخوته وسائر بني هاشم يشكرونهم على ذلك , وانصرف الامام أبو جعفر (عليه السلام) إلى بيته بعد أن وارى أباه في بقيع الغرقد وهو غارق في البكاء وقد احتف به بنو هاشم وابناء الصحابة وسائر وجوه المسلمين وهم يذرفون الدموع على الامام زين العابدين ويعددون مزاياه ومآثره ويذكرون بمزيد من الأسى الخسارة العظمى التي منى بها المسلمون بفقده.

وقد تسلم الامام الباقر (عليه السلام) بعد وفاة أبيه القيادة الروحية والمرجعية العامة للعالم الاسلامي فقد انتقلت إليه الامامة والزعامة الدينية عند الشيعة وأخذ منذ تلك اللحظة ينشر العلم ويلقى على العلماء الدروس الخاصة في شؤون الشريعة الاسلامية واحكام الدين.

وقد عاش الامام الباقر (عليه السلام) في كنف أبيه 39 سنة حسبما ذكره أكثر المؤرخين وقد وهم المستشرق روايت م. رونلدس حيث ذكر ان عمره حينما انتقلت إليه الامامة كان  19 سنة   فان ذلك نشأ من قلة التتبع وعدم التثبت في شؤون التأريخ الاسلامي.