ابناء الامام الباقر فكانوا من حسنات الأسرة النبوية ومن مفاخر ابناء المسلمين في هديهم وصلاحهم وابتعادهم عن مآثم هذه الحياة قد رباهم الامام بمكارم اخلاقه وغرس فى نفوسهم نزعاته الكريمة ومثله العليا فكانوا امتدادا مشرقا لذاته العظيمة التي طبق شذاها العالم أما ذريته الطاهرة من الذكور فهم :

1 ـ ابراهيم : ابن الامام الباقر (عليه السلام) وأمه أم حكيم بنت أسيد بن المغيرة بن الاخنس الثقفي ولم نقف على أية معلومات عنه.

2 ـ الامام جعفر : هو سيد ولد أبيه ووصيه والامام القائم من بعده وكان من مفاخر هذه الدنيا وفي طليعة عباقرة العالم وذلك بما حققه على الصعيد الفكري والعلمي من التطور الهائل في الميادين العلمية والتي كان منها الابداع في علم الكيمياء الذي القى بحوثه على جابر بن حيان مفخرة الشرق العربي ويعتبر هذا العلم الأداة الخلاقة للتقدم التكنلوجي في العالم ولا تزال الكثير من النظريات التي أدلى بها الامام في هذا الفن لم تكتشفها العلوم الحديثة وما توصل لمعرفتها الاختصاصيون .

أما البحوث الفلسفية والكلامية فيعتبر الامام الصادق من الرواد الاوائل فيها وقد تخرج على يده فيها هشام بن الحكم الذي يعتبر الانموذج الرائع في هذه البحوث.

أما الفقه الاسلامي فانه المؤسس له والواضع لقواعده وأصوله بعد آبائه الطاهرين وقد عنى بهذا العلم عناية بالغة فوجه جل اهتمامه نحوه وقد حفلت الموسوعات الفقهية بما أثر عنه بحيث يعد معظم أبواب الفقه وفروعه قد روي عنه , وإذا نظرنا الى سائر العلوم الاسلامية الاخرى كعلم الحديث والتفسير والاخلاق وغيرها فنجد اكثرها قد أخذ عنه , ولا يعرف التأريخ الانساني من هو اعظم منه علما وفضلا عدا آبائه (عليه السلام) أما الحديث عن نواحي شخصيته مفصلا فانه يستدعى موسوعة كبيرة.

3 ـ عبد الله : ابن الامام الباقر (عليه السلام) وأمه أم فروة بنت القاسم بن محمد بن أبي بكر قام بتربيته أبوه وعنى بتهذيبه فكان من افاضل العلويين وانبههم وقد توفى شهيدا سقاه السم رجس من أرجاس بني أمية يقول المؤرخون إنه دخل عليه فاوجس منه عبد الله خيفة فقال له : لا تقتلني اكن لله عليك عينا واكن لك على الله عونا .

فلم يعن به الاموي واجبره على تناول السم فلما سقي تقطعت امعاؤه ولم يلبث إلا قليلا حتى فارق الحياة لقد مضى الى الله شهيدا شأنه شأن آبائه الذين أجهزت عليهم القوى الشريرة والنفوس الآثمة الحاقدة على ذوي الاحساب الاصيلة التي رفعت منار الكرامة الانسانية.

4 ـ علي : ابن الامام الباقر (عليه السلام) عاش في كنف أبيه وتربى على هديه وسلوكه فنشأ مثالا للفضل والكمال لقب بالطاهر لطهارة نفسه وعظيم شأنه توفى بالقرب من بغداد في قرية من اعمال الخالص أدلى بذلك محب الدين ابن النجار في تأريخه قال : مشهد الطاهر يقع في قرية من اعمال الخالص قريبة من بغداد ظهر فيها قبر قديم عليه صخرة فيها مكتوب : بسم الله الرحمن الرحيم هذا ضريح الطاهر علي بن محمد بن علي بن الحسين بن علي بن أبي طالب (عليه السلام) وقد انقطع باقي الصخرة فبنى عليه قبة من لبن ثم عمره بعد ذلك شيخ من الكتاب يقال له : علي بن نعيم كان يتولى كتابة ديوان الخالص فزوقه وزخرفه وعلق فيه قناديل من الصفر وبنى حوله رحبة واسعة وصار من المشاهد التي تزار , ونقل عن صاحب رياض العلماء أن قبره في كاشان وعليه قبة رفيعة عظيمة وله كرامات ظاهرة .

5 ـ عبد الله : وأمه أم حكيم بنت أسيد بن المغيرة الثقفية توفي في حياة أبيه ولم نعثر له على ترجمة وافية في المصادر التي بأيدينا.

أما السيدات من بناته فهن : السيدة زينب وأمها أم ولد والسيدة أم سلمة وأمها أم ولد وهي أم اسماعيل بن الأرقط وقد مرض ولدها اسماعيل فهرعت الى الامام الصادق فزعة فأمرها أن تصعد فوق البيت وتصلي ركعتين وتدعو الله بهذا الدعاء : اللهم انك وهبته لي ولم يك شيئا اللهم واني استوهبكه فاعرنيه , ففعلت ذلك فعافاه الله.