من المحن الشاقّة التي امتحن بها الإمام امتحانا عسيرا هي الفتنة الكبرى التي مني بها جيشه فقد فتن برفع المصاحف من قبل أهل الشام الذين طويت أعلامهم وخسروا المعركة فلجئوا إلى هذه الحيلة التي خدع بها القرّاء في جيش الإمام وتبنّوها بصورة إيجابية فأحاطوا بالإمام من كل جانب شاهرين السيوف في وجهه رافعين أصواتهم : ندعى إلى كتاب الله تعالى ولا نجيب؟! ووبّخهم الإمام وأقام لهم الحجج البالغة على زيف ما ذهبوا إليه فلم تجد معهم شيئا فتركهم وشأنهم ولمّا أصرّوا ثانيا على انتخاب الأشعري نهاهم عنه وأمرهم بانتخاب ابن عباس فلم يذعنوا له ولمّا آل التحكيم إلى تلك الصورة الهزيلة ندموا على ما فرّطوا في أمر الامّة وأنفسهم ورفعوا شعارهم ملوّحين به وداعين إليه وهو لا حكم إلاّ لله وسرعان ما تحوّل هذا الشعار إلى حكم النطع والسيف وإشاعة الرعب والخوف بين الناس وقد علّق الإمام على شعارهم بقوله : كلمة حقّ يراد بها باطل .

لقد انغمس الخوارج في الباطل وماجوا في الجهل والضلال فلم يملكوا أي وعي ديني أو سياسي كما لم يفقهوا شيئا من القيم الإسلامية والتعاليم الدينية.

وتهيّأت قوات الإمام لحرب معاوية والتحقت بها كتائب من أهل البصرة وسار الإمام بجيشه لمناجزة أهل الشام ولكنّه لم يلبث إلاّ قليلا حتّى وافته الأنباء بتمرّد الخوارج وإعلانهم العصيان المسلّح وقد أقاموا في النهروان وأخذوا يعيثون في الأرض فسادا فاستحلّوا دماء المسلمين وقالوا بكفر من لا يذهب لرأيهم وقد اجتاز عليهم الصحابي الجليل عبد الله بن خباب بن الأرت فسألوه عن اسمه فأخبرهم به ثمّ سألوه عن انطباعاته عن الإمام أمير المؤمنين (عليه السلام) فأثنى عليه فاستشاطوا غضبا وقاموا فأوثقوه كتافا وأقبلوا به وبالسيّدة زوجته وكانت حبلى قد أشرفت على الولادة فجاؤوا بهما تحت نخلة فسقطت منها رطبة فبادر إليها بعضهم فألقاها في فيه فأنكروا عليه ذلك فألقاها من فمه وشهر بعضهم سيفه فضرب به خنزيرا لأهل الذمّة فقتله فصاح به بعضهم قائلا إنّ هذا من الفساد في الأرض فبادر الرجل إلى الذمّي فأرضاه فلمّا نظر عبد الله إلى شدّة احتياطهم في أموال الناس اطمأنّ وقال لهم : إن كنتم صادقين فيما أرى ما عليّ منكم بأس والله! ما أحدثت حدثا في الإسلام وإنّي لمؤمن وقد آمنتموني وقلتم : لا روع عليك , فلم يحفلوا بكلامه وعمدوا إليه فسحبوه وألقوه على الخنزير الذي قتلوه وذبحوه وأقبلوا على امرأته وهي ترتعد من الخوف فقالت لهم مسترحمه : أنا امرأة أما تتّقون الله؟

ولم تلن قلوب اولئك الممسوخين التي ران عليها الباطل فذبحوها وبقروا بطنها وعمدوا إلى ثلاث نسوة كانت معها فقتلوهنّ وفيهنّ أمّ سنان الصيداوية وكانت قد صحبت النبيّ (صلى الله عليه واله) , وأخذ هؤلاء الوحوش ينشرون الرعب بين الناس فأوفد الإمام للقياهم الحرث بن مرّة العبدي ليسألهم عن الفساد الذي أحدثوه ويطلب منهم تسليم من استحلّ منهم قتل الأنفس التي حرّم الله إزهاقها بغير الحقّ فلمّا قرب منهم عمدوا إلى قتله ولم يدعوه يدلي برسالة الإمام إليهم.