١- نظرية الهبوط Subsidence theory :

وضع داروِن أساس هذه النظرية سنة ١٨٣٢ وتم تعديلها سنة ١٨٤٢ بعد أن تأكد خلال رحلاته البحرية من أن المرجان ينمو فقط في المياه الضحلة. وترى هذه النظرية أن المرجان ينمو إلى أعلى حتى يصل إلى مستوى سطح الماء عند الجزر، ومع هبوط السواحل المرجانية وارتفاع منسوب الماء يصبح المرجان في أعماق بعيدة ويتمشى نموه الرأسي والأفقي تبعا لمعدلات الهبوط، مع زيادة معدلات سرعة النمو عن الحافة الخارجية، وطبقا لهذه النظرية فإن الحاجز المرجاني عبارة عن بقايا لخط ساحل قديم هبط تكتونيا، وأن الحلقات المرجانية في معظمها عبارة عن أطر مرجانية تطوق جزرا قد هبطت لتتوسطها بحيرة وتتحول في النهاية إلى حلقة مرجانية. وأن الشعاب المرجانية التي نراها هي تلك التي استطاعت أن تحافظ على نموها الرأسي مع الهبوط. أما الشعاب التي هبطت بمعدل أسرع من معدل النمو المرجاني فتظهر مغمورة عند أعماق قد تصل إلى ٩٠٠ متر، وتوضح الصورة رقم (1) سطح إطار مرجاني ممتد أمام ساحل جزر فرسان البحر الأحمر لاحظ عدم انتظام سطح الإطار. ومما يؤخذ على هذه النظرية أنها لم توضح ما إذا كان الغمر قد حدث فجأة أم بشكل تدريجي وهل تم بصورة مستمرة أم على مراحل. وعموما، فإن هذه النظرية مع بساطتها قد جذبت اهتمام الكثيرين مثل ديفيز وغيره من الباحثين ( شكل 1).

2 – نظرية عدم الهبوط Non Subsidence :

ترى هذه النظرية أن التغير في منسوب البحر ليس ضروريا لتكوين الشعاب المرجانية والتي تكونت فوق أرصفة بحرية مغمورة, وقد قال بهذه النظرية رين Rein سنة 1870. وأكدها ونادى بها موري ١٨٨٠ وذلك بعد رحلاته مع سفينة الأبحاث البحرية تشالنجر ( في الفترة من ١٨٧٦ ) حيث وجد قمما بركانية غارقة وتغطيها – ١٨٧٢ رواسب جيرية وذلك في المحيط الهادي. وتفترض النظرية عدم حدوث تغير في مستوى سطح البحر وثبات الأرصفة البحرية، وأن عملية البناء للشعاب المرجانية قد بدأت عندما كون حيوان المرجان والطحالب المرتبطة به أرصفة غارقة تشكلت بفعل العمليات البحرية في المياه الساحلية أو بفعل تراكم رواسب الشطوط الغارقة.

 وترى النظرية أن القنوات بين الحواجز المرجانية ما هي إلى حفر إذابة قامت بها مياه البحر بجانب نحت الأمواج لها أثناء المد البحري, وقد عضده لويس أجاسيز L. Agassis سنة 1903 بتقديمه نظرية مشابهة ترى أن عملية بناء الشعاب من الممكن أن تستمر فوق الأرصفة البحرية لتظهر فوق سطح البحر دون ضرورة لأية تغيرات في منسوب سطحه، والمهم في رأيه أن تكون الظروف البيئية ملائمة للنمو المرجاني وإنه ليس هناك اختلاف في العلاقة بين اليابس والماء في الوقت الحاضر عنها في الفترات الماضية, وعموما، فإن هذه النظرية لا تستند على حقائق وأدلة لتعضيدها وخاصة أن كل المحاولات الحديثة أثبتت حدوث تغيرات مؤكدة في مستوى سطح البحر أو تغيرات في مناسيب الشواطئ نفسها.

٣- نظرية التحكم الجليدي Glacial Control theory :

اقترحها دالي Daly , R. A. سنة 19458 وهي تربط بين التغيرات التي حدثت لمستوى سطح البحر في البليستوسين وبين نمو المرجان حيث تأكد بأن الشعاب المرجانية قد تكونت خلال العصور الجليدية glacial periods :

وتتلخص نظريته في الآتي :

إنه بسبب تجمد المياه فوق اليابس في شكل ثلاجات فقد هبط مستوى سطح الماء في البحار هبوطا تراوح ما بين 11 – 13 مترا كما انخفضت درجات حرارة المياه ونتج عن ذلك تجمد المرجانيات, وأن انخفاض منسوب البحر البلستوسيني كان مسئولا عن انكشاف الشعاب المرجانية الميتة.

وعندما انتهى العصر الجليدي وارتفع مستوى سطح البحر إلى منسوبه العادي غمرت مياهه أرصفة النحت البحري وأصبحت على عمق ٣٠ قامة تقريبا,  وقد بدأ المرجان الذي لم يمت خلال فترات التجمد في بناء هياكله على الحافة المواجهة للبحر sea – ward – edge مكونا الشعاب الملاصقة للساحل (الأطر المرجانية) وذلك على أرصفة النحت الضيقة، بينما تكونت الحواجز المرجانية على أرصفة النحت المتسعة، كما نمت الحلقات المرجانية أيضا فوق الهضاب الغارقة المعزولة والتي  نحتت خلال الفترة الجليدية، كذلك تكونت البحيرات الطولية بين الحواجز المرجانية واليابس ويرجع تكونها إلى الهبوط المتماثل والنمو السريع للشعاب مع القدر الذي انخفض به مستوى سطح البحر، وبذلك فسرت استواء قيعان البحيرات الطولية. ويرى دالي Daly في ذلك أن أعماق اللاجونات (البحيرات الطويلة) المغلقة بواسطة حواجز الحلقة المرجانية تظهر درجة كبيرة من التجانس والقليل منها يزيد عمقه على 75 مترا (Holmes, A. , P 561) ويرى هولمز أن الشعاب المرجانية البلستوسينية قد قاست كثيرا بسبب تذبذبات مستوى البحر أكثر من تأثرها بانخفاض درجات الحرارة, ويرى أيضا أنه يمكن أن تنمو طبقة مرجانية سمكها ٢٠٠ متر خلال فترة ال ١٤ ألف سنة وأن الخصائص الإسفنجية والمسامية في المائة متر الأقدم تدل بوضوح على أن معدل نموها كان يتميز بسرعة كبيرة.