لمْ تقف محنة الإمام (عليه السّلام) وبلاؤه عند حدّ وإنّما أخذت تتابع عليه المحن وهي كأشدّ ما تكون هولاً فإنّه لمْ يكد ينتهي مِن مُناجزة المارقين حتّى ابتلى في أمر دولته ؛ فقد أخذ معاوية يحتلّ أطرافها ويغير على بعضها ويشيع فيها الخوف والإرهاب فقد أيقن بتخاذل جيش الإمام (عليه السّلام) وما مُنِيَ به من الفرقة والاختلاف وقد أجمع رأيه على احتلال مصر التي هي قلب البلاد العربية وقد جعلها طعمة إلى وزيره وباني دولته عمرو بن العاص ؛ ليتمتع وحده بخيراتها , وكان الإمام (عليه السّلام) قد ولّى على مصر الزعيم الكبير قيس بن سعد الأنصاري ، الذي كان من ألمع الشخصيات الإسلامية في حسن سياسته وعمق تفكيره وبُعْدِ نظره وقد ساس المصريين أيّام المحنة سياسةَ عدلٍ وحقٍّ وقضى على الاضطرابات الداخلية ونشر المحبّة والألفة فيها ؛ وقد عزله الإمام (عليه السّلام) عنها وولّى مكانه الطيب محمّد بن أبي بكر فاضطرب أمر مصر وظهرت الدعوة العثمانية فيها فعزل الإمام (عليه السّلام) محمّداً عنها وولّى مكانه مالك الأشتر النخعي الذي هو من أنصح الناس للإمام (عليه السّلام) وأكثرهم إخلاصاً له إلاّ أنّه لمْ يكد ينتهي إلى القلزم حتّى مات.

أجمع المؤرّخون على أنّ معاوية قد أغوى صاحب الخراج في القلزم فدسّ إليه سمّاً في شربة مِن عسل فمات بها وكان معاوية وصاحبه ابن العاص يتحدّثان بعد ذلك ويقولان : إنّ لله جنوداً مِن عسل ؛ وجهّز معاوية جيشاً لاحتلال مصر وأمر عليه ابن العاص ولمّا علم الإمام (عليه السّلام) ذلك أقرّ محمّداً على مصر ووعده بأنْ يمدّه بالجيش والمال وأخذ يدعو أهل الكوفة لنجدة إخوانهم في مصر فلمْ يستجيبوا له وجعل الإمام (عليه السّلام) يلحّ عليهم ويطلب منهم النجدة فاستجاب له جند ضئيل كأنّما يساقون إلى الموت فأرسلهم إلى مصر ولكنّه لمْ يلبث أن وافته الأنباء بأنّ ابن العاص قد احتل مصر وأنّ عامله محمّداً قد قُتِلَ وأُحرِقَت جثته في النار فردّ جنده وخطب أهل الكوفة خطاباً مثيراً ندّد بهم ونعى عليهم تخاذلهم وخور عزائمهم.

وعلى أيّ حالٍ فإنّ احتلال مصر قد قوى شوكة معاوية ودفعه إلى أنْ يغزو أهل العراق في عقر دارهم.