حتى مطلع هذا القرن كانت تسمية الإنزيمات هي مسؤولية الباحثين، فأعطيت أسماء عادية اعتمادا على طبيعة التفاعلات، طبيعة المركبات المتفاعلة وطبيعة المادة الأساس الذي يعمل عليها الإنزيم واسماء الباحثين المكتشفين لها وبما أن الإنزيمات تتفاعل مع بعض المواد الأساسية المعينة وقد سميت الإنزيمات بوضع المقطع in في نهايتها مثل ,pepsin, trypsin chymotrypsin papain أو تسمى طبقا للمادة الأساس مع وضع المقطع ase في نهاية اسم المادة الأساس الذي يعمل عليها فالإنزيم الذي يحلل اليوريا يسمى urease والإنزيمات المحللة للفوسفيت هو phosphatase بعض الأحيان تسمى الإنزيمات طبقا لطبيعة التفاعل الذي تحفزه مما تسمى الإنزيمات النازعة للهيدروجين dehydrogenases والذي تنقل المجاميع الكيمياوية تسمى transferase أو الكاتاليز للإنزيمات المحللة للبيروكسيد أو البورتينيز للإنزيمات المحللة للبروتينات في القناة الهضمية مثل الببسين والتريسين وبسبب الارتباك الناتج عن الأسماء التجارية وبالنظر للمحاولات السابقة في وضح نظام لتسمية الإنزيمات نتج عنها مجموعة مشوشة ومركبة من الأسماء غير النظامية، في عام 1961 ويسبب عدم وجود طريقة ثابتة في تسمية الإنزيمات وبسبب كثرتهـا توجـب تـبني طريقة نظامية في تسميتها وتصنيفها حيث قام المؤتمر العالمي للكيمياء الحيوية بوضع بعض القواعد لتسمية الإنزيمات وتصنيفها حيث قدمت اللجنة الخاصة بتسمية الإنزيمات توصياتها عام 1964 وثم تنقيح التوصيات عامي 1978 1974 حيث اعتبر تقريرها هو الأساس في نظام تسمية الإنزيمات المعمول بها حاليا حيث خصصت لجنه الإنزيمات اسم نظامي لكل إنزيم إضافة إلى الاسم الاعتيادي الدارج ويشمل الاسم النظامي اسم المادة الأساس أو طبيعة التفاعل وقد تكون أحد أصناف الإنزيمات الست الرئيسية أو قد تكون تحت الصنف لأي من الأصناف الستة ويوضح الاسم النظامي للإنزيم والأرقام التي أعطيت ها من قبل اللجنة المخصصة بذلك طبيعة التفاعل الذي يساعد فيه الإنزيم وقد يكون الاسم للإنزيم طويلاً لذلك يستخدم للاسم الدارج للإنزيم على نطاق واسع كما أوصت لجنة الإنزيمات باستعمال بعض الأسماء الاعتيادية للإنزيمات خاصة تلك التي تعتبر مقبولة.