لقد أصبح هذا الموضوع الآن إجراء عادياً لأية عملية استنسال في معظم المختبرات، إذ إن دراسة تسلسل الDNA يقدم معلومات كثيرة ومفيدة عن الجينات ومناطق التحكّم بها، وإبراز المظاهر الأخرى مثل التسلسلات البينية  Intervening sequences ،وغيرها ولهذا فإن التوصيف الكامل الذي يشمل تحليل التسلسل يُعد الآن أمراً مهماً وضرورياً.

تعتمد خطة قراءة التسلسل أو تحليله على عدد من العوامل منها: طول القطعة المستهدفة بالدراسة، فمثلاً عند دراسة سلسلة طولها يتراوح من 300 إلى 400 كيلو قاعدة، نحتاج إلى معاملات عديدة ومختلفة، أما إذا كان الDNA يتكون من عدة مئات من القواعد الثنائية فقد يُدرس في خطوة واحدة فقط.

وهناك طريقتان أساسيتان لقراءة التسلسل هما: الطريقة العشوائية والتي يُطلق عليها الطلقة (Shootgun)، والطريقة المجهزة (Ordered sequencing) التي يتم فيها معرفة موقع كل قطعة معرفة تامة قبل إجراء دراسة التسلسل. ففي طريقة الطلقة يتم إنتاج ودراسة القطع بصورة عشوائية، ثمّ يدرس التسلسل الكامل عن طريق علاقة التداخل بين التسلسلات المختلفة بالحاسب الآلي.

ومن الواضح أن الطريقة المجهزة أجدى بكثير من طريقة القطع العشوائية، فضلاً عن أن هناك طرقاً عديدة لإنتج قطع محددة مثل إنتاج سلسلة من النسائل الثانوية (Sub-clones) التي يُلغى أو يُحذف منها التسلسل المستهدف عن طريق الإنزيمات القاطعة، ولكن يبقى فوق كل ذلك ضرورة توفير خريطة إنزيمية كاملة للنسخة الأصلية بحيث يمكن تعيين القطع المناسبة، ومن ثمّ يُجرى لها استنسال ثانوي في ناقل معد خصيصاً لهذه الدراسة مثل الناقل pBluescript أو M13، ويُدرس تسلسل كل نسيلة ثانوية لوحدها باتباع طريقة Dideoxy إذ يُقرأ شريطا الDNA كل على حدة لكي يتم اكتشاف أي شذوذ، ومن ثم القراءة عن طريق الحاسب الآلي.

 إن إستراتيجية اختيار الطريقة الملائمة مهمة في إعطاء المعلومات الدقيقة عن القطع المكلونة، لذلك أصبحت دراسة قطع الDNA من الخطوات المهمة جداً في تقنيات الجين.