تُوفِّيَ الخليفة محمد المهدي في سنة 169ﻫ، وبويع لابنه موسى الهادي، فعزل روحًا عن البصرة، وولاها محمد بن سليمان — المرة الثانية — فبقي محمد على البصرة حتى مات موسى الهادي في سنة 170ﻫ، وتولى الخلافة أخوه هارون الرشيد، فأقره على البصرة، وظل عليها إلى أن مات بها في سنة 173ﻫ، فولى هارون الرشيد مكانه سليمان بن جعفر، ثم عزله بعد ستة أشهر، وأرسل بدله عيسى بن جعفر، ثم عزله في سنة 174ﻫ، وولى عليها عبد الصمد بن علي العباسي، ثم ولى عليها في سنة 177ﻫ مالك بن علي الخزاعي.

ولم يحدث بالبصرة منذ تولى الخلافة الهادي إلى هذه السنة — 177 — ما يكدر جو السياسة أو ما يخل بالإدارة والأمن؛ بل كانت هذه المدينة تزداد عمارتها يومًا فيومًا، وتكثر خيراتها شهرًا فشهرًا، وازدحمت بالعلماء الأعلام حتى وصلت إلى أرقى درجات الكمال خصوصًا في أيام هارون الرشيد؛ فإنها صارت من أكبر مدن الإسلام، ومركزًا للعلماء العظام، ومهدًا للعلوم والفنون والآداب، وقد زارها هذا الخليفة في سنة 180ﻫ وبقي فيها بضعة أيام يتفقد شئونها، وينشط علماءها على سعيهم المتواصل، ثم عاد إلى بغداد، فولى عليها في سنة 181ﻫ إسحاق بن سليمان، ثم انتقلت إمارة هذه المدينة في عهده من إسحاق بن سليمان إلى سليمان بن أبي جعفر في سنة 184ﻫ، ثم إلى عيسى بن جعفر في سنة 185ﻫ، ثم إلى الحسن بن جميل في سنة 187ﻫ، ثم إلى عيسى بن جعفر في سنة 189ﻫ، ثم إلى جرير بن يزيد في سنة 190ﻫ، ثم — بعد ستة أشهر — إلى عبد الصمد بن علي العباسي — ثانية — ثم إلى إسحاق بن عيسى بن علي في سنة 193ﻫ.

ولم يحدث في أيام هارون الرشيد في البصرة ما يخل بالسياسة أو الإدارة؛ بل كانت زاهية بفحول العلماء الذين انتهت إليهم رياسة أكثر العلوم العقلية والنقلية، وزادت عمارتها، وكثرت ثروتها، وعظم شأنها، وراجت فيها العلوم والآداب والفنون.

ولما تُوفِّيَ الخليفة هارون الرشيد في سنة 193ﻫ وتولى ولي عهده ابنه محمد الأمين أقر إسحاق بن عيسى على البصرة، فخرج في السنة نفسها في أطراف البصرة ردان الحروري، وثار على الحكومة بجموعه، فانخذل وتمزقت جموعه.

وبقيت البصرة بعد هذه الحادثة في زهو واطمئنان إلى سنة 195ﻫ، فأرسل الخليفة محمد الأمين أميرًا عليها المنصور بن المهدي العباسي، وفي أيامه حدثت فتنة الأمين والمأمون، واستولت جيوش المأمون على الأهواز والكوفة وواسط، فاضطربت البصرة، وعزم أهلها على تحصينها وقتال جيش المأمون إذا اقترب منها انتصارًا للأمين، فأبى أميرهم المنصور ذلك حقنًا للدماء، فأعلن خلع الأمين وبيعة المأمون، وخطب له على منبر البصرة، فبلغ ذلك المأمون فأقره على إمارته، ولكنه وجه في سنة 196ﻫ إمارة العراق إلى الحسن بن سهل، وضم إليه فارس والبحرين، فولى ابن سهل على البصرة العباس بن محمد الجعفري، وكانت بغداد يومئذ قد حاصرها طاهر بن الحسين قائد المأمون، ولم يبق للأمين غيرها.