للتفسير الموضوعي طرائق ومسالك نوردها كالآتي:

الطريقة الأولى:

أن يختار الباحث مفردة من مفردات القرآن الكريم مثل (الشفاعة، الجهاد، الأمة..) ثم يتتبع هذه المفردة في القرآن ليعرف مدلولاتها أولاً أي وجوهها (كل كلمة في القرآن تتصرف على وجوه) ثم نلحظ جهاتها وحيثياتها وتبويباتها.

فلو أخذنا الشفاعة في القرآن نجد أن القرآن يرسم موضوعاً متكاملاً لها من حيث المعنى والشروط والأقسام والأسباب ومن حيث الشافع والمشفوع فيه وهكذا إلى أن يستنفذ الموضوع أبعادهُ. ونستطيع أن نستخلص مثلاً نظرية المعرفة، أو نظرية الملكية أو نظرية الإستخلاف أو الدولة، المرآة الخ).

الطريقة الثانية:

 إقتراح الموضوع (كالعولمة) مثلاً بغض النظر عن الأطروحة الخارجية البشرية. خصوصاً في المصطلحات الحديثة وهو نوع من الإستشارة القرآنية. حيث نقوم باستخراج الآيات التي تناولت هذا الموضوع من قريب وبعيد (عرضاً، وتحليلاً، أو مناقشة أو تعليقاً.

ثم يحاول الباحث إستنباط عناصر الموضوع من خلال الآيات التي بين يديه. ثم ينسق بين تلك العناصر بحيث يقسمها إلى فصول وأبواب …) ^[1].

الطريقة الثالثة: الإستقراء القصصي:

إعتماداً على قول رسول الله(صلى الله عليه واله وسلم ) والإمام علي(عليه السلام) (فيه خبر ما قبلكم) القصة القرآنية موزعة المقاطع ولهذا نمارس عليها قاعدة من قواعد الإمام علي(عليه السلام)  وهي (الوصل والفصل) حيث بفضل هذه القاعدة نجمع مشاهد القصة كاملاً. كما في قصة يوسف(عليه السلام). حيث نرتبها حسب الترتيب الزمني والمنطقي لتأخذ القصة بالحبكة ثم إلى العقدة ثم إلى النهاية.

الطريقة الرابعة: القراءة المستقبلية:

إعتماداً على قول رسول الله(صلى الله عليه واله وسلم) (فيه خبر ما بعدكم) حيث نعمد في هذا النوع إلى إستقراء السنن المتحكمة في الكون ليستشرف الباحث المستقبل، وهو بذلك يستثمر القصص القرآني والأمثال القرآنية للمستقبل وهنا يظهر السر الأعظم في قاعدة الجري في القرآن (إن القرآن يجري كما تجري الشمس والقمر والليل والنهار) فإن الآية إذا نزلت في قوم ومات القوم إذن مات القرآن لكنهُ يجري على آخرنا كما جرى على أولنا.

مثلاً: هناك من الباحثين من طبق السنن التاريخية للسيد الصدر على الإنهيار العكسي، وهناك من يبحث في عاقبة دويلة إسرائيل.. الخ.

الطريقة الخامسة: (فيه حكم ما بينكم)

إستنباط الحكم والفتوى من القرآن، وهي محاولة جادة لدراسة آيات الأحكام وفق المنهج الموضوعي ومحاولة ربط الآيات مع بعضها. والتفاعل بينها واكتشاف العام والخاص فيها.

الطريقة السادسة: إعتماد الوجه الواحد:

وردت روايات عن أهل البيت (عليهم السلام): أن القرآن ثلاثة أثلاث ثلث فينا وفي اعداءنا...) وهي محاولة لإظهار وجه واحد في القرآن أي موضوع واحد من خلال إحتواء مفردات رمزية فسرها أهل البيت(عليهم السلام) فيهم ومفردات معاكسة فسرها أهل البيت في أعدائهم. ففسروا الطيب ومشتقاته بهم والخبث ومشتقاته في أعدائهم. ولهذا عدهُ، السبحاني نوع من أنواع التفسير الموضوعي ^[2].

الطريقة السابعة: التفسير الموضوعي للسورة الواحدة.

يقوم الباحث بتحديد الهدف الأساس للسورة أو الهدف الذي يختاره الباحث ثم يحاول إبراز عناصر بحث هذا الموضوع في السورة الواحدة. ثم يدرس علاقة كل مقطع بهذا الهدف بدءاً بمقدمة السورة وإنتهاءاً بخاتمتها.

هذه بعض الطرق التي تصورتها ولا يزال في البحث مساحة واسعة للإستزادة. وأما تفاصيل هذه الأنواع ففي الأبحاث اللاحقة.