يمكن تصنيف الأحماض الأمينية بالاعتماد على  قطبية مجموعاتها الوظيفية

يمكن تقسيم الأحماض الأمينية الموجودة في البروتينات إلى مجموعتين رئيستين اعتماداً على كون السلسلة الجانبية R  المرتبطة بذرة الكربون ألفا (الجدول 4-3) قطبية أولا قطبية. ونستخدم اختصارات تسمية الأحماض الأمينية  ذات الحرف الواحد (الجدول 4-1) لتمثيل متتالية طويلة من الأحماض الأمينية (مثل تمثيل التسلسل الكامل للأحماض الأمينية المكونة لبروتين ما). وتقوم بعض الأحماض الأمينية الحرة أو المرتبطة ( لكن خارج البروتينات) بوظائف مهمة في العمليات الأيضية ؛ وعلى سبيل المثال يشارك كل من الأورنيثين (Ornithine) والسيترولين (Citrulline) والأرجينينوسكسينات (Argininosuccinate) في تشكيل اليوريا ، والتيروزين في تشكيل الهرمونات الدرقية ، والجلوتامات في التخليق الحيوي للنواقل العصبية (Neurotransmitters) .

يوجد في الطبيعة أكثر من عشرين حمضا أمينيا ميمنا (D-amino acids) نذكر منها الألانين الميمن والجلوتامات الميمن الموجودين في الجدار الخلوي لبعض البكتريا والعديد من الأحماض الميمنة المتنوعة الأخرى الموجودة في المضادات الحيوية.