أشهر كناه (عليه السلام)  أبو الحسن و أبو محمد و ألقابه المشهورة زين العابدين و سيّد الساجدين و العابد و الزكي و الامين و السجاد و ذو الثفنات، و كان نقش خاتمه «الحمد للّه العلي» ؛ و على رواية مولانا الامام الباقر (عليه السلام) : «العزة للّه» ؛ و على رواية مولانا أبو الحسن موسى الكاظم (عليه السلام) : «خزي و شقي قاتل الحسين بن علي (عليه السلام)».

روى ابن بابويه عن الامام الباقر (عليه السلام) انّه قال: انّ أبي عليّ بن الحسين (عليه السلام) ما ذكر نعمة اللّه عليه الّا سجد، و لا قرأ آية من كتاب اللّه عز و جل فيها سجود الّا سجد، و لا دفع اللّه تعالى عنه سوء يخشاه أو كيد كايد الّا سجد، و لا فرغ من صلاة مفروضة الّا سجد، و لا وفق لإصلاح بين اثنين الّا سجد، و كان أثر السجود في جميع مواضع سجوده فسمّي السجاد لذلك.

و قال (عليه السلام) أيضا: كان لأبي (عليه السلام) في موضع سجوده آثار ناتئة و كان يقطعها في السنة مرّتين في كلّ مرّة خمس ثفنات، فسمّي ذا الثفنات لذلك‏ .

 يقول المؤلف: قال أهل اللغة انّ الثفنة مفرد ثفنات البعير أي الموضع الذي يمس الارض من البعير فيشتد و يغلظ، فيعلم حينئذ انّ جبهة زين العابدين (عليه السلام) و كفّي يديه و ركبتيه ظهرت فيها الثفنات من‏ كثرة السجود فكانت تقطع في السنة مرّتين.

و روي أيضا أنّ الزهري إذا حدّث عن عليّ بن الحسين (عليه السلام) قال: حدّثني زين العابدين عليّ بن الحسين، فقال له سفيان بن عيينة: و لم تقول له زين العابدين؟ قال: لأنّي سمعت سعيد بن المسيب يحدّث عن ابن عباس انّ رسول اللّه (صلى الله عليه واله) قال: إذا كان يوم القيامة ينادي مناد أين زين العابدين؟ فكأنّي أنظر الى ولدي عليّ بن الحسين بن عليّ بن أبي طالب يخطر بين الصفوف‏ .

و في كشف الغمّة انّه: كان سبب لقبه بزين العابدين، انّه كان ليلة في محرابه قائما في تهجّده، فتمثّل له الشيطان في صورة ثعبان ليشغله عن عبادته فلم يلتفت إليه، فجاء الى ابهام رجله فالتقمها فلم يلتفت إليه فآلمه فلم يقطع صلاته، فلمّا فرغ منها و قد كشف اللّه له فعلم انّه شيطان فسبّه و لطمه و قال له: اخسأ يا ملعون فذهب و قام الى تمام ورده، فسمع صوت لا يرى قائله و هو يقول: «أنت زين العابدين حقا» ثلاثا، فظهرت هذه الكلمة و اشتهرت لقبا له (عليه السلام) ‏.