قبل تخزين بذور الصويا لا بد من خفض محتواها المائي إلى مستوى يمكن تخزينها بأمان مع المحافظة على خصائصها النوعية، وقيمتها الزراعية لأطول فترة زمنية ممكنة، أو بما يتناسب مع طول فترة التخزين. فيمكن تخزين بذور الصويا مدة أربع سنوات عند محتوى مائي 10%، ومدة ثلاث سنوات فقط عند محتوى مائي 12%، في حين يمكن تخزين البذور بأمان حتى الربيع القادم إذا كان محتواها المائي 13%، وتقل طول فترة التخزين عند ارتفاع نسبة الرطوبة إلى 14%. عموما، يجب عدم تخزين البذور على رطوبة 15% فما فوق قبل إخضاعها لعملية التجفيف. وعند التجفيف يجب ألا تقل رطوبة هواء التجفيف عن 40% لتجنب تشقق قشرة البذور، ويجب عدم تجفيف بذور الصويا المعدة للزراعة على درجة حرارة أعلى من 43 م، تجنبا لقتل الأجنة، مما يؤثر سلبا في حيوية البذور وقدرتها على الإنبات.

إن بذور الصويا النظيفة والجافة، التي لا يزيد محتواها المائي عن 10% يمكن أن تخزن بأمان. وإذا كان محتوى البذور المائي عند الحصاد أعلى من 14%، فيجب أن تجفف قبل تعبئتها في أكياس، أو تخزينها على هيئة كومة Bulk في المخزن. ويساعد في المناطق الحارة ترك الأكياس مفتوحة في إتمام عملية التجفيف قبل إغلاق الأكياس ووضعها في المخزن. وتحتاج عمليات التجفيف الصناعية بالهواء الساخن الحذر الشديد لمنع ضرر البذور، ويجب أن لا تزيد درجة حرارة هواء التجفيف عن 40 م، حيث يؤدي ارتفاع حرارة الهواء إلى 60 م إلى إضعاف حيوية البذور، وتراجع نسبة إنباتها. ويمكن أن يؤثر سلبا في نوعية البذور. وعند الرغبة في تخزين البذور في مستودع المزرعة، فيجب خفض محتوى البذور المائي إلى 10 - 12%، وبما أن الرطوبة في الكومة تهاجر إلى قمة الكومة، فيجب العمل وباستمرار على تقليب البذور في أعلى الكومة حتى لا تتعفن. ويمكن أن تساعد معاملة البذور بالمبيدات الفطرية في المحافظة على حيوية البذور خلال فترة التخزين إذا كانت شروط التخزين الجيدة والمناسبة غير متاحة، ويفضل أن تكون المعاملة مباشرة بعد الحصاد للحصول على أفضل النتائج. عموما، تحتفظ البذور ذات الأغلفة القاسية Hard tests بحيويتها خلال التخزين لفترة زمنية أطول بالمقارنة مع البذور ذات الأغلفة الطرية Soft tests، لأن الأغلفة القاسية والكتيمة تحد بشكل كبير من عملية التبادل الغازي، وأكسدة المادة الجافة بالتنفس. عموما، تقلل الرطوبة النسبية الجوية المرتفعة من حيوية البذور أكثر بالمقارنة مع الحرارة المرتفعة.