يصاب السمسم في جميع أطوار حياته بالعديد من الأمراض منها:

1) أعفان الجذور:

تبدو أعراضه على شكل تقرحات لونها بني داكن على الجذور تسبب موت البادرات وبتقدم الإصابة تعم التقرحات الجذر كله وموت النبات في النهاية وتؤدي الإصابة إلي سهولة نزع القشرة الخارجية للجذور وظهور نقط سوداء أسفلها ويساعد على انتشار المرض زيادة الرطوبة الأرضية والإفراط في التسميد الآزوتي ويؤدى المرض إلى قلة الجذور الثانوية وتقزم النباتات ثم تموت في النهاية. وتتم المكافحة بإتباع الأساليب التالية:

1- استنباط أصناف مقاومة وإتباع دورة زراعية طويلة (لا تقل عن ثلاث سنوات).

2- حرق بقايا النباتات المصابة.

3- الاعتدال في الري والتسميد والاهتمام بالتسميد الفوسفاتي والبوتاسي وعلى العمق المناسب.

4- الزراعة في الميعاد المناسب.

5- تعقيم البذور قبل زراعتها.

2) الذبول:

تظهر أعراضه بتلون الأوراق السفلية باللون الأصفر وتدليها لأسفل ومن ثم الأوراق الأعلى منها ثم تجف قمة النبات وتتقزم النباتات. وعند عمل شق طولي في الجذور والساق يظهر تخطيط بني محمر في الأوعية الخشبية. وتتم المكافحة كما في عفن الجذور وخاصة استنباط أصناف مقاومة.

3) العفن الفحمي:

تظهر أعراض المرض في صورة تلون الساق عند اتصاله بالتربة مع الجذر باللون الأسود وتؤدي الإصابة بهذا المرض إلى سهولة نزع القشرة الخارجية للجذر والساق حيث يشاهد أسفلها نقط سوداء وهي عبارة عن الأجسام الحجرية الفطرية. ومع اشتداد الإصابة يمتد اسوداد الساق لأعلى وتجف ويسهل كسرها ويموت النبات في النهاية ويقل محصول البذرة والزيت الناتج بالإضافة إلى إنتاج بذور مصابة تنقل الإصابة في الموسم التالي عند زراعتها. ويلائم انتشار المرض وزيادة شدته ارتفاع درجة الحرارة نوعا وانخفاض رطوبة التربة وبالتالي تزداد الإصابة المرضية عند تعطيش النبات. وتتم المكافحة كما هو الحال في مكافحة أعفان الجذور والذبول.

4) تبقع الأوراق:

تظهر أعراض المرض على هيئة بقع مستطيلة على الأوراق وتنتشر أيضا على بتلات الأزهار والساق والقرون وتصيب النباتات في طور النضج ويكون لونها بني فاتح يتحول بتقدم الإصابة إلى البني المسود وتجف الأنسجة وتموت وتعم النبات بأكمله في حالات الإصابة الشديدة. ويلائم انتشار هذا المرض ارتفاع الرطوبة مع درجات الحرارة المعتدلة خاصة تحت ظروف الري بالرش، ويكون التأثير أكثر ضررا في حالة حدوث الإصابة مبكرا. تتم المكافحة بزراعة أصناف المقاومة، حرق مخلفات النباتات المصابة، والاعتدال في الري والتسميد الأزوتي، بالإضافة للمكافحة الكيميائية.