كوثرة العنقدة Nested PCR

تقنية تستعمل في العادة لتقليل النواتج غير المرغوب فيها من تلوث النواتج نظراً للتضخيم الناتج من ارتباط البوادئ Primers المستعملة غير المتوقع ، وهذا يؤدي الى زيادة حساسية العملية بشكل كبير ، وتستعمل عندما تكون كمية DNA المستهدف قليلة جدا" او ان DNA المستهدف غير نقي ، وبهذه الطريقة تقلل الخلفية غير الضرورية وتزداد كفاءة الكشف عن الأهداف . ويستعمل مع النسخ القليلة من DNA التي تكون اقل من 100 نسخة وكذلك تستعمل مع التضخيم الكمي Quantitative PCR .
في هذه التقنية يتم تضخيم الجزيئات بالطرق العادية وفي الخطوة الثانية تستعمل بوادئ خاصة بنواتج تفاعلات الخطوة الأولى . ولذا تصمم مجموعتين من البوادئ ، المجموعة الأولى تكون بوادئ خارجية والمجموعة الثانية هي البوادئ الداخلية لنواتج الخطوة الأولى ، ويمكن إجراء العمليتين او الخطوتين دون فصل او تخفيف بينهما . وفي هذه الحالة يجب الاهتمام الشديد بتصميم مجاميع البوادئ حيث يتم الابتعاد تماما" عن حالة حصول مزدوجات البوادئ الخارجية والداخلية .