حجب الناس عنه و ثقل في موضعه و كان أمير المؤمنين (عليه السّلام)لا يفارقه الا لضرورة فقام في بعض شئونه فأفاق رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله)افاقة، فافتقد عليا (عليه السّلام) فقال وأزواجه حوله: ادعوا لي أخي و صاحبي و عاوده الضعف فأصمت.

فقالت عائشة: ادعوا له ابا بكر! فدعي، فدخل عليه و قعد عند رأسه، فلمّا فتح عينه نظر إليه فأعرض عنه بوجهه فقام أبو بكر فقال: لو كان له إليّ حاجة لأفضى بها إليّ فلمّا خرج أعاد رسول اللّه القول ثانية و قال: ادعوا لي أخي و صاحبي، فقالت حفصة ادعوا له عمرا، فدعي فلمّا حضر و رآه رسول اللّه أعرض عنه فانصرف، ثم قال: ادعوا لي أخي و صاحبي فقالت أمّ سلمة (رضي اللّه عنها): ادعوا له عليّا فانّه لا يريد غيره فدعي أمير المؤمنين (عليه السّلام).

فلمّا دنا منه أومأ إليه فأكبّ عليه فناجاه رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله) طويلا ثم قام فجلس ناحية حتى اغفى رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله)فلمّا اغفى خرج فقال له الناس: ما الذي أوعز إليك يا ابا الحسن؟ فقال: علّمني الف باب من العلم فتح لي كل باب الف باب، و أوصاني بما أنا قائم به ان شاء اللّه تعالى.

ثم ثقل (صلّى اللّه عليه و آله)و حضره الموت و أمير المؤمنين (عليه السّلام)حاضر عنده فلمّا قرب خروج نفسه قال له: ضع يا علي رأسي في حجرك فقد جاء امر اللّه تعالى، فاذا فاضت نفسي فتناولها بيدك و امسح بها وجهك ثم وجّهني الى القبلة و تولّ امري و صلّ عليّ أول الناس و لا تفارقني حتى تواريني في رمسي و استعن باللّه تعالى.

فأخذ عليّ (عليه السّلام)رأسه فوضعه في حجره فأغمي عليه فأكبت فاطمة (عليها السّلام)تنظر في وجهه و تندبه و تبكي و تقول:

و أبيض يستقى الغمام بوجهه‏              ثمال اليتامى عصمة للأرامل‏

ففتح رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله)عينه و قال بصوت ضئيل: يا بنية هذا قول عمك ابي طالب لا تقوليه و لكن قولي: {وَمَا مُحَمَّدٌ إِلَّا رَسُولٌ قَدْ خَلَتْ مِنْ قَبْلِهِ الرُّسُلُ أَفَإِنْ مَاتَ أَوْ قُتِلَ انْقَلَبْتُمْ عَلَى أَعْقَابِكُمْ } [آل عمران: 144] فبكت طويلا فأومأ إليها بالدنوّ منه فدنت منه فأسرّ إليها شيئا تهلل وجهها له، ثم قبض (صلّى اللّه عليه و آله)ويد أمير المؤمنين (عليه السّلام)اليمنى تحت حنكه ففاضت نفسه فيها فرفعها الى وجهه فمسحه بها ثم وجّهه و غمضه و مد عليه أزاره و اشتغل بالنظر في أمره فجاءت الرواية انّه قيل لفاطمة (عليها السّلام)ما الذي أسرّ إليك رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله)فسرى عنك به ما كنت عليه من الحزن و القلق بوفاته؟.

قالت: انّه أخبرني انني أول أهل بيته لحوقا به و انّه لن تطول المدة بي بعده حتى أدركه فسرى ذلك عنّي، فلمّا أراد أمير المؤمنين (عليه السّلام)غسله استدعى الفضل بن العباس فأمره أن يناوله الماء لغسله بعد ان عصبت عينه ثم شقّ قميصه من قبل جيبه حتى بلغ الى سرته و تولّى غسله و تحنيطه و تكفينه و الفضل يعاطيه الماء و يعينه عليه فلمّا فرغ من غسله و تجهيزه تقدم فصلّى عليه وحده لم يشركه معه أحد في الصلاة عليه.

و كان المسلمون في المسجد يخوضون فيمن يؤمّهم في الصلاة عليه و أين يدفن، فخرج إليهم أمير المؤمنين (عليه السّلام)و قال لهم: انّ رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله)امامنا حيّا و ميّتا فليدخل عليه فوجا بعد فوج منكم فيصلون عليه بغير امام و ينصرفون و انّ اللّه لم يقبض نبيا في مكان الّا و قد ارتضاه لرمسه فيه و اني لدافنه في حجرته التي قبض فيها، فسلم القوم لذلك و رضوا به.

فلمّا دخل قال له عليّ (عليه السّلام): انزل القبر فنزل و وضع أمير المؤمنين رسول اللّه (عليهما السّلام) على يديه و أدلاه في حفرته فلمّا حصل في الارض قال له: أخرج فخرج و نزل عليّ (عليه السّلام)القبر فكشف عن وجه رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله)و وضع خدّه على الارض موجها الى القبلة على يمينه ثم وضع عليه اللبن و أهال عليه التراب.

وكان ذلك في يوم الاثنين لليلتين بقيتا من صفر سنة احدى عشرة من هجرته (صلّى اللّه عليه و آله)و هو ابن ثلاث و ستين سنة و لم يحضر دفن رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله)أكثر الناس! لما جرى بين المهاجرين و الانصار من التشاجر في أمر الخلافة! وفات أكثرهم الصلاة عليه لذلك‏.

ووردت روايات كثيرة و معتبرة انّ النبي (صلّى اللّه عليه و آله)فارق الدنيا شهيدا كما روى الصفار بسند معتبر عن الصادق (عليه السّلام)انّه قال: سمّ رسول اللّه يوم خيبر فتكلّم اللحم فقال: يا رسول اللّه انّي مسموم، قال: فقال النبي عند موته اليوم قطعت مطاياي الاكلة التي اكلت بخيبر و ما من نبيّ و لا وصيّ الا شهيدا .

وفي رواية اخرى قال (عليه السّلام): سمّت اليهودية النبي في ذراع، قال: لما أتي بالشواء اكل من الذراع و كان يحبها فأكل ما شاء اللّه ثم قال الذراع: يا رسول اللّه انّي مسموم فتركه و ما زال ينقض به سمّه حتى مات (صلّى اللّه عليه و آله).

وتستحب زيارته (صلّى اللّه عليه و آله)قريبا و بعيدا كما قال الشيخ الشهيد في الدروس: وأيضا يستحب زيارته (صلّى اللّه عليه و آله)في عقيب كل صلاة بهذه الالفاظ التي علّمها الامام الرضا (عليه السّلام)، لابن ابي بصير البزنطي قال: «السلام عليك يا رسول اللّه و رحمة اللّه و بركاته، السلام عليك يا محمد بن عبد اللّه، السلام‏ عليك يا خيرة اللّه، السلام عليك يا حبيب اللّه، السلام عليك يا صفوة اللّه، السلام عليك يا امين اللّه أشهد انّك رسول اللّه و أشهد انّك محمد بن عبد اللّه و أشهد انّك قد نصحت لأمتك و جاهدت في سبيل ربك و عبدته حتى أتاك اليقين، فجزاك اللّه يا رسول اللّه أفضل ما جزى نبيا عن امته (اللّهمّ صلّ على محمّد و آل محمّد) أفضل ما صلّيت على ابراهيم و آل ابراهيم انّك حميد مجيد» .