قتل (عليه السلام) سنة 40 من الهجرة في شهر رمضان ضرب ليلة تسع عشرة ليلة الأربعاء وقبض ليلة الجمعة ليلة إحدى وعشرين على المعروف بين أصحابنا وعليه عمل الشيعة اليوم ؛ وروى الطبري وابن الأثير أنه ضرب ليلة الجمعة لأحدى عشرة ليلة بقيت من شهر رمضان فتكون وفاته ليلة الأحد ؛ وعمره ثلاث وستون سنة رواه الحاكم في  المستدرك عن محمد بن الحنفية أو أربع وستون أو خمس وستون سنة منها عشر سنين أو اثنتا عشرة سنة قبل البعثة وثلاث وعشرون مع النبي (صلى الله عليه واله) بعد البعثة ثلاث عشرة بمكة وعشر بالمدينة وثلاثون سنة بعد وفاة النبي (صلى الله عليه واله) وقيل في سنه غير ذلك فروى الحاكم في المستدرك عن جعفر بن محمد عن أبيه أنه قتل وهو ابن ثمان وخمسين سنة . وأشهر الأقوال الأول والثالث قال ابن شهرآشوب في المناقب : قبض (عليه السلام) قتيلا في مسجد الكوفة وقت التنوير ليلة الجمعة لتسع عشرة ليلة مضين من شهر رمضان فبقي يومين إلى نحو الثلث من الليل وله يومئذ خمس وستون سنة في قول الصادق (عليه السلام) وقالت العامة ثلاث وستون سنة (اه) وروى الحاكم في المستدرك بسنده عن عبد الرحمن بن أبي ليلى : قتل علي يوم الجمعة لسبع عشرة ليلة خلت من شهر رمضان سنة 40 وهو يوم قتل ابن ثلاث وستين سنة أو أربع وستين وبسنده عن أبي بكر بن أبي شيبة : قتل علي بن أبي طالب سنة 40 من مهاجر رسول الله (صلى الله عليه واله) وهو ابن ثلاث وستين سنة قتل يوم الجمعة للحادي

والعشرين من شهر رمضان ومات يوم الأحد ودفن بالكوفة (اه) .

وكانت مدة خلافته خمس سنين الا نحوا من أربعة أشهر أو ثلاثة أشهر لأنه بويع لخمس بقين من ذي الحجة سنة 35 كما مر .

وروى الحاكم في المستدرك عن عبد الرحمن بن أبي ليلى أن خلافته كانت خمس سنين الا ثلاثة أشهر ثم روى عن أبي بكر بن أبي شيبة أنه قال ولي علي بن أبي طالب خمس سنين (اه) وكانه مبني على نوع من التسامح .