إتصل بنا

ENGLISH

بحث في العناوين     بحث في المحتوى     بحث في اسماء الكتب     بحث في اسماء المؤلفين

القرأن الكريم وعلومه
العقائد الأسلامية
الفقه الأسلامي
علم الرجال
السيرة النبوية
الاخلاق والادعية
اللغة العربية وعلومها
الأدب العربي
الأسرة والمجتمع
التاريخ
الأدارة والاقتصاد
علم الفيزياء
علم الكيمياء
علم الأحياء
الرياضيات
الزراعة
الجغرافية
القانون
الإعلام

رمز الامان : 3831

علم الاحياء

عدد المواضيع في هذا القسم 9508
تاريخ علم الأحياء وعلمائه
النبات
الحيوان
الأحياء المجهرية
علم الأمراض
الحشرات
التقانة الإحيائية
التقنية الحياتية النانوية
اللقاحات
البيئة والتلوث
علم الأجنة
الأحياء الجزيئي
علم وظائف الأعضاء
المضادات الحيوية
علم الخلية
الوراثة
الأحياء العامة
المناعة
التحليلات المرضية
الانزيمات

Chromatin Architecture Dynamics of the IgH Locus in V(D)J Recombination, CSR, and SHM

01:34 AM

30 / 4 / 2021

45

Author : JOCELYN E. KREBS, ELLIOTT S. GOLDSTEIN and STEPHEN T. KILPATRICK

Book or Source : LEWIN’S GENES XII

page :

+
-

Chromatin Architecture Dynamics of the IgH Locus in V(D)J Recombination, CSR, and SHM


KEY CONCEPTS
- Chromatin architecture of the Ig locus facilitates V(D)J recombination and class switch recombination (CSR).
- CTCF binds to multiple sites over the IgH locus and mediates long-range genomic interactions.
- Activation-induced deaminase (AID) targets are predominantly grouped within super-enhancers and regulatory clusters.

During B and T cell development, the coding elements for BCR and TCR are assembled from widely dispersed gene segments. Antigen receptor loci contain multiple V, D, and/or J and C coding elements, and the assembly of these antigen receptors is controlled at multiple levels, including chromatin architecture, nuclear location, and epigenetic marking. This will bring into close proximity elements that are separated by about 2.5 Mb for their recombination (FIGURE 1). The Ig H and L chain loci and TCR loci are not simple linear chromosomal structures but possess a three-dimensional configuration, which orchestrates DNA recombination at these loci. Indeed, the IgH chain locus tends to fold into a comprehensive pattern of loop arrangements that shorten the distances between gene segments and allow longrange genomic interactions to occur at relatively high frequencies to facilitate V(D)J recombination.


FIGURE 1.Chromatin architecture of Ig locus facilitates V(D)J recombination and CSR. CTCF, which is important for implementing chromatin conformation, modulates V(D)J recombination by regulating enhancer-promoter interaction and locus compaction. Iem:3’Ea interactions create long-range chromatin interactions directed by the Ih promoters and Igh enhancers, which create spatial proximity between Sm and downstream S region loci and facilitates recombination between the broken S regions and creates a matrix of chromatin contacts.
Left panel is modified from Figure 5 of Ong and Corces (2014) Nat. Rev. Gent. 15:234–246.

The DNA-binding zinc finger nuclear protein CCCTC-binding factor (CTCF) mediates long-range chromatin looping and is important for implementing chromatin conformation. CTCF may modulate V(D)J recombination by regulating locus compaction and promoter–enhancer interactions, thereby influencing the spatial conformation of the IgH locus and antisense transcription. This generates noncoding RNAs that can further shape the chromatin architecture.
The Ig, and possibly TCR, alleles are sequestered at the transcriptionally repressive nuclear lamina in lymphoid progenitor cells. Before the pro-B cell stage, the IgH locus is released from the lamina to associate with the transcription and/or recombination machineries. Committed pro-B cells undergo broad chromatin conformational changes, in which chromatin looping of CTCFbinding sites at the IgH locus occurs independently of the iEμ enhancer and contributes to the compaction of the locus. Two CTCF- binding sites within the intergenic control region 1
(IGCR1), located between the VH and DH clusters, mediate ordered and lineage-specific VH -DJH recombination and bias distal over proximal VH rearrangements. IGCR1 suppresses the transcriptional activity and the rearrangement of proximal VH segments by forming a CTCF-mediated loop that presumably isolates the proximal VH promoter from the influence of the downstream iEμ enhancer. Likewise, before pro-B cell stages, CTCF promotes distal over proximal VK rearrangement by blocking the communication between specific enhancer and promoter elements in the Igκ locus.

The formation of the S-S synapsis, which is essential for CSR, is mediated by long-range intrachromosomal interactions between distantly located IgH transcriptional elements. This threedimensional chromatin architecture simultaneously brings I promoters into close proximity with iEμ and 3′Eα enhancers to facilitate transcription. Transcription across S-region DNA leads to RNA polymerase II accumulation that promotes the introduction of activating chromatin modifications and hyperaccessible chromatin to ensure AID activity. In mature resting B cells, the iEμ and 3′Eα enhancers are in close spatial proximity by forming a chromatin loop. B cell activation leads to cytokine-dependent enrollment of the I promoters to the iEμ–3′Eα complex and allows transcription of S regions targeted for CSR, likely facilitated by a three-dimensional structure adopted by the IgH locus.
Although AID specifically targets the Ig locus, it also acts with muchlower efficiency on a limited number of non-Ig genes (off-targets),  leading to mutations and translocations that contribute to B cell tumorigenesis. AID targets, however, are not randomly distributed across the genome, but rather predominantly associated with topologically complex and highly transcribed super-enhancers and regulatory clusters. These include multiple interconnected transcriptional regulatory elements and strong convergent transcription, in which normal-sense transcription of the gene overlaps with super-enhancer–derived antisense enhancer RNA (eRNA) transcription. AID deaminates active promoters and eRNA enhancers that are interconnected in some instances over megabases of linear chromatin. This would provide a critical step toward recombination of widely spread V(D)J regions.

ثِـــــــمَارُ الأَسفَـــــــــار .. أَقَلُّ مَا يَلْزَمُكُمْ لله أَلاَّ تَسْتَعيِنُوا بِنِعَمِهِ عَلَى مَعَاصِيهِ

ثِـــــــمَارُ الأَسفَـــــــــار .. افْعَلُوا الْخَيْرَ وَلاَ تَحْقِرُوا مِنْهُ شَيْئاً

ثِـــــــمَارُ الأَسفَـــــــــار ..عقيدَتُنا في المَعادِ الجِسمانيِّ

ثِـــــــمَارُ الأَسفَـــــــــار .. أَفْضَلُ الزُّهْدِ إِخْفَاءُ الزُّهْدِ

مظاهر التطرف الاجتماعي

جدلية تأثُرْ النحو العربي بالمنطق والفلسفة

صندوق المستقبل

ثِـــــــمَارُ الأَسفَـــــــــار .. أَفْضَلُ الْأَعْمَالِ مَا أَكْرَهْتَ نَفْسَكَ عَلَيْهِ

أوغسطينوس العظيم .. الضال الذي أوصلته محطات الانحراف إلى الله!!

ما هو مقام المتقين يوم القيامة ؟

دعاءُ يوم الجمعة

دُعاء يوم الخميس

في معنى قوله تعالى { إِنَّمَا أَمْوَالُكُمْ وَأَوْلَادُكُمْ فِتْنَةٌ}

القصص القرآني خلاصة التجربة الإنسانية للسابقين

من الآراء الفقهية التي لا تمت الى العلم والتشريع بصلة!!

المريض بعين الله تعالى(من كرامة المؤمن على الله)

متى ترث البنت بالفرض وبالقرابة معاً ؟

الوراثة والبيئة وأثرهما على سعادة الفرد وشقائه

تدَخُّلُ الوالدينِ في الاختيارِ وتناقُضُ القناعاتِ

كيف َتكون علاقَتُكِ مع حَمَاتِكِ – أُمُّ زَوجِكِ – صافيةً ومُستَقِرَّةً؟

ماذا يجِبُ على مُعَلِّمَةِ الرَّوضَةِ أنْ تَعرِفَهُ؟

لماذا فُرِضَ الحِجابُ على المرأةِ؟

أدوارُ المرأةِ النّاجِحَة

ماهِيَ أُصولُ التربيةِ الإسلاميةِ؟

ماهِيَ أَهَمُّ مُشكِلَةٍ يواجِهُها الوالدانِ؟

حَفِّزْ طفلَكَ ليُبادِرَ الى اختيارِهِ

متى تكونُ الأسرَةُ مُنسَجِمةً؟

Civic الأسطورية من هوندا أصبحت أكبر وأكثر جاذبية!

Amazon توسّع منافستها لآبل بأجهزة ذكية مميّزة

ثغرة في شرائح Qualcomm تهدد هواتف أندرويد حول العالم!

قشور البرتقال للحصول على خشب شفاف

العثور على جمجمة لثور قديم عمره 10 آلاف عام جنوب سيبيريا

باحثون يرصدون تفاعلات نووية جديدة في تابوت مفاعل تشيرنوبيل ويحذرون من كارثة

مركبة أخرى من هيونداي لمحبي التميّز والقوة والتصاميم العصرية

تويوتا تعلن عن أحدث سياراتها العائلية الأنيقة والعملية

ميزة طال انتظارها ستظهر في تليغرام قريبا

اكتشافها قد ينقذ حياتك .. قائمة كاملة بأعراض النوبة القلبية ينبغي أن تكون على دراية بها!

تقوي المناعة وتقي من الأمراض... 10 أطعمة احرص عليها في سن الأربعين

يمكنك تناول هذه الأطعمة في الليل دون ضرر

خبراء: ماذا يحدث لجسمك إذا تناولت المعكرونة يوميا؟

كيف يؤثر عدم تناول الفطور على الصحة

أخصائية روسية تكشف عن الأشخاص الممنوعين من تناول البصل

عشق القهوة قد تحكمه عوامل جينية

فوائد تناول التمر بانتظام

طبيبة روسية تكشف عن المواد الغذائية المساعدة للهضم

زكاةُ الفطرة: مقدارُها.. ولمَنْ تُعطى.. بحسب مكتب المرجع الدينيّ الأعلى

مزارُ السيدة زينب الصغرى أحد المحطّات الرمضانيّة لقسم الشؤون الدينيّة

العتبة العلوية توزع وجبات الإفطار للمصابين بوباء كورونا والعاملين على رعايتهم

مركز القرآن الكريم في العتبة العلوية يقيم ندوة علمية بعنوان (مصحف جامعة كامبريدج رقم (1125) - دراسة تحليلية)

بالصور: التائبون العابدون الساجدون.. أجواء ايمانية خاصة عند مرقد الامام الحسين (ع) خلال شهر رمضان

بهدف توفير الخدمات والراحة النفسية للمواطنين والزائرين.. كوادر العتبة الحسينية تباشر بتأهيل أحد اهم الشوارع المؤدية الى مرقد الامام الحسين (ع)

الأمانة العامة للعتبة الكاظمية المقدسة تباشر بمشروع مظلات صحن باب المراد

وفد معهد القرآن الكريم في العتبة العباسية المقدسة يشارك في المحفل القرآني الرمضاني للعتبة الكاظمية المقدسة

العتبة العسكرية المقدسة توزع وجبة جديدة من السلات الغذائية الرمضانية للعوائل المتعففة من أهالي سامراء