من العلوم التي أخذت عنه علم تفسير القرآن الكريم فقد أخذ أكثر تفسيره منه ومن تلميذه حبر الامّة عبد الله بن عباس وقد قيل له : أين علمك من علم ابن عمّك؟ فقال : كنسبة قطرة من المطر إلى البحر المحيط وقد أفردنا جزء خاصّا من موسوعة الإمام إلى ما اثر عنه في تفسير القرآن الكريم ومن المؤكّد أنّ المصحف الذي قيل عنه إنّه مصحف الإمام (عليه السلام) قد أدرج فيه أسباب النزول ومعاني الكلمات وبيان ما فيه من الأحكام .

ومن العلوم التي أخذت عنه علم الفلك والحساب فقد قال (عليه السلام) عن خلق السماء : ثمّ زيّنها بزينة الكواكب وضياء الثّواقب وأجرى فيها سراجا مستطيرا وقمرا منيرا في فلك دائر وسقف سائر ورقيم مائر , وقال (عليه السلام) عن كيفيّة خلق السماء : وناداها بعد إذ هي دخان فالتحمت عرى أشراجها وفتق بعد الارتتاق صوامت أبوابها.

ذهب بعض علماء الفلك في هذا العصر إلى أنّ أوّل نشوء الكون كان نتيجة انفجار كبير فشاع في الكون سكون وظلام دامس ثمّ بدأت الذرات تتجمّع في مناطق معيّنة مشكلة أجراما ثمّ ما لبثت أن بدت فيها التفاعلات النووية التي جعلت هذه الأجرام نجوما مضيئة وفي قول الإمام (عليه السلام) : فالتحمت عرى أشراجها تشبيه لنجوم المجرة بالحلقات المرتبطة ببعضها بوشاج الجاذبية والتأثير المتبادل وبعد نشوء النجوم الملتهبة الدائرة بدأت تقذف بالحمم التي شكّلت الكواكب السيارة كالأرض وغيرها وهو ما عبّر عنه الإمام (عليه السلام) بالفتق بعد الارتتاق , ثمّ قال (عليه السلام) : وأقام رصدا من الشّهب الثّواقب على نقابها وأمسكها من أن تمور في خرق الهواء بأيده وأمرها أن تقف مستسلمة لأمره علّق عليها لبيب وجيه بيضون بقوله : قوله (عليه السلام) : وأقام رصدا من الشّهب الثّواقب يشير (عليه السلام) بذلك إلى ما أثبته العلم الحديث من أنّ الشهب تغذّي بعض أجرام الكواكب بما نظّمه لها من التفاتق فما نقب وخرق من جرم عوض بالشهاب , ثمّ قال (عليه السلام) : وأمسكها من أن تمور في خرق الهواء بأيده: أي أمسك الكواكب من أن تضطرب في الهواء بقوّته وأمرها أن تقف مستسلمة لأمره، أي تلتزم مراكزها لا تفارق مداراتها , قال (عليه السلام) : وجعل شمسها آية مبصرة لنهارها وقمرها آية ممحوّة من ليلها وأجراهما في مناقل مجراهما وقدّر سيرهما في مدارج درجهما ليميّز بين اللّيل والنّهار بهما وليعلم عدد السّنين والحساب بمقاديرهما .

لقد عرض الإمام (عليه السلام) بصورة موضوعية ودقيقة إلى علم الفلك وبيّن مقدار ما فيه من الأنظمة الهائلة .

أمّا علم الحساب فقد أقام مناهجه وبين غوامضه وقد عرض لها بعض المختصّين بهذا العلم كان منها ما يلي :

مقدار قطر الشمس : سأل شخص الإمام (عليه السلام) عن مقدار قطر الشمس فأجاب الإمام (عليه السلام) مرتجلا : تسعمائة في تسعمائة ميل أي 810000 ميل  , ومن المعلوم أنّ الميل في صدر الإسلام يساوي أربعة آلاف ذراع بذراع اليد وهو من المرفق إلى رؤوس الأصابع فلو قسنا ذراع رجل متوسط القامة بالانجات ثمّ حوّلنا (4000) إلى انجات فياردات فأميال لوجدنا أنّ ما أخبر به الإمام عليّ (عليه السلام) 810000 ميل على ما كان معروفا في صدر الإسلام تعادل 865380 ميلا على ما هو معروف اليوم من أنّ الميل 1760 ياردا وأنّ كتب الفلك تنصّ أنّ قطر الشمس يساوي (865380) ميلا فما أخبر به عليّ (عليه السلام) يطابق تمام الانطباق مع ما تجده في كتب الفلك اليوم وذلك بعد تحويل الميل في صدر الإسلام إلى الميل الانكليزي الذي يعادل (160) ياردا .

مسألة الجمال :  كان 17 جملا مشتركة بين ثلاثة أشخاص فجاؤوا عليّا (عليه السلام) وقالوا : إنّ نصف هذه الجمال لأحدنا وثلثها لآخر وتسعها لثالثنا ونريد أن نقسّمها بيننا على أن لا يبقى باق , فدعا عليّ (عليه السلام) بجمل له وأضافه إلى الجمال فكانت 18 جملا فأعطى نصف الجمال أي نصف 18 جملا إلى من له النصف أي أعطاه 9 جمال وأعطى ثلث الـ 18 إلى من كان له الثلث أي أعطاه (صلى الله عليه واله) جمال , وأعطى تسع الـ 18 إلى من كان له التسع أي أعطاه جملين ثمّ أرجع الجمل الذي أضافه إلى بيته وبهذا ينتهي الحديث عمّا خاضه وأبدعه الإمام (عليه السلام) في علم الفلك والحساب .