ولد العلامة السيد محمد حسين الطباطبائي وترعرع بين أحضان أسرة عرفت بالعلم والفضل ، ولم يحد عن سيرة آبائه وأجداده في حب العلم والاجتهاد في طلبه ، فقد اشتهر منذ صغره بذكائه الحاد ونبوغه المميز . درس اللغة الفارسية والقرآن الكريم واللغة العربية وآدابها ، وأنهى مرحلة السطوح على يد اساتذة مدينة تبريز المشهورين .

في هذا الوقت كان نجم مدينة النجف الأشرف يتلألأ كالكوكب الدري ، حيث كانت عاصمة العلم في ذاك الزمان ، وكان الطلاب يزدلفون إليها من كل حدب وصوب ، ليغترفوا من ينبوع علومها ومعارفها الخالصة . كل ذلك بفضل العلماء الكبار الذين اتخذوا من تلك المدينة محطاً لرحالهم ، فقد برز منهم المجتهدون والفقهاء والمراجع العظام ، وكان لهم الفضل في وصول الحوزة العلمية إلى قمة مجدها وعصرها الذهبي في العلوم والمعارف . وقد سمح الاستقرار السياسي والاجتماعي ، في النجف المقدسة ، للحوزة أن تأخذ دورها العلمي الريادي فبلغت بذلك ذروتها .

لقد أدرك العلامة الطباطبائي أن من يريد أن يبلغ قمة العلوم الاسلامية والأدبية والعرفانية والفلسفية ، عليه أن يتوجه إلى النجف الأشرف ، لذلك سافر إليها وبقي فيها لمدة عشر سنوات ، ينهل من علومها المختلفة ، ويتتلمذ فيها على يد كبار العلماء والمراجع . وقد كان للسيد علي آغا القاضي التبريزي الأثر الكبير على شخصية العلامة الطباطبائي وحياته الأخلاقية والفكرية والروحية ، ولا سيما فيما يتعلق بالتفسير ، فقد تربى على يديه في السير والسلوك والعرفان العلمي والمجاهدات النفسانية والرياضات الشرعية ، فكانت تلك الفترة من حياته مرحلة النضوج العلمي والفلسفي والفكري ، وبذلك يكون العلامة السيد الطباطبائي قد طوى أهم مرحلة فكرية وعلمية في حياته .

بعد دراسته في النجف الأشرف عاد إلى إيران موطنه الأصلي ، ثم توجه إلى مدينة قم المقدسة ، حيث سطع نجمه هناك ، وذاعت شهرته ، خصوصاً في الفلسفة ، حيث يعد العلامة الطباطبائي محيي العلوم العقلية والفلسفية في مدرسة قم . وقد تربى على يديه جيل من العلماء والفلاسفة الكبار . وتعد هذه الفترة من عمره الشريف مرحلة زاخرة بالعطاء والإنتاج العلمي في شتى الحقول ، ولقد أبدع في التأليف والتدريس والتربية والتعليم .