هاجر رسول الله (صلى الله عليه واله) من مكة الى المدينة غرّة ربيع الاول من السنة الثالثة عشرة من المبعث، وفي تلك الليلة بات امير المؤمنين (عليه السلام) على فراش النبي (صلى الله عليه واله)، كما اشرنا الى ذلك آنفاً. وكان علي (عليه السلام) « يجهز النبي (صلى الله عليه واله) حين كان بالغار، ويأتيه بالطعام [بعد ان] استأجر له ثلاث رواحل، له (صلى الله عليه واله) ولابي بكر ودليلهم عبد الله بن أرقط، وخلّفه النبي (صلى الله عليه واله)... وأمره أن يؤدي عنه امانته ووصايا من كان يوصي اليه، وما كان يؤتمن عليه من مال [فانما كان يسمّىالامين]، فأدى امانته كلّها... وأمر النبي (صلى الله عليه واله) علياً (عليه السلام) ان يلحقه بالمدينة، فخرج علي (عليه السلام) في طلبه بعد ما أخرج اليه فكان يمشي من الليل، ويكمن بالنهار حتى قدم المدينة. فلما بلغ النبي (صلى الله عليه واله) قدومه قال: ادعوا لي علياً، فقالوا: انه لا يقدر ان يمشي فأتاه النبي (صلى الله عليه واله) فلما رآه النبي (صلى الله عليه واله) اعتنقه وبكى رحمة له مما رأى بقدميه من الورم وكانتا تقطران دماً...» . ثم « دعا له بالعافية ومسح رجليه فلم يشتكهما بعد ذلك».

و«روى الثعلبي في تفسيره قال: لما اراد النبي الهجرة خلّف علياً لقضاء ديونه وردّ الودايع التي كانت عنده». وعلّق السيد ابن طاووس في طرائفه: «ثم العجب انه ما كفاه ذلك كله حتى يقيم ثلاثة ايام بمكة بعد النبي (صلى الله عليه واله) يردّ الودائع، ويقضي الديون ويجهّز عياله ويسدّ مسده، ويحمل حرمه الى المدينة بقلب راسخ ورأي شامخ»، وهاجر (عليه السلام) الى يثرب وله ثلاث وعشرون سنة، وللنبي (صلى الله عليه واله) ثلاث وخمسون، ولفاطمة (عليه السلام) ثمان سنين.

واول ما نزل النبي (صلى الله عليه واله) حين هاجر من مكة الى المدينة في قباء. واول مسجد بُني في الاسلام وهو مسجد قباء يبعد عن المدينة، بالحساب المتري، ثلاث كيلو مترات ونصف. وبقي رسول الله (صلى الله عليه واله) في قبا مدة عشرين ليلة ينتظر قدوم امير المؤمنين (عليه السلام). ومدة بقائه في قبا كان (صلى الله عليه واله) يصلي قصراً.