جليل القدر، عظيم المنزلة، من خواص اصحاب أمير المؤمنين (عليه السلام) ومن حواريه بل كان بمنزلة ابنه، لانّ امّه اسماء بنت عميس كانت في اوّل الامر زوجة جعفر بن أبي طالب رحمه اللّه، ثم تزوّجها أبو بكر فولدت له محمدا في سفر حجة الوداع، ثم تزوّجها أمير المؤمنين (عليه السلام) فربّى محمد في حجر عليّ (عليه السلام) فكان له كالأب، و لم يعرف غيره حتى قال (عليه السلام): محمد ابني من صلب أبي بكر.

وقد حضر معركة الجمل و صفين و جعله أمير المؤمنين (عليه السلام) واليا على مصر بعد حرب صفين وفي سنة (38) ه ارسل معاوية عمرو بن العاص و معاوية بن خديج و أبا الاعور السلمي مع جمع آخر الى مصر، فاجتمع هؤلاء القوم مع شيعة عثمان واتحدوا على محمد، فحاربوه فأسر محمد في تلك المعركة التي وقعت بينهم، و قطع رأسه معاوية بن خديج و هو ظمآن، ثم جعل في جلد حمار فأحرق و هو ابن (28) سنة.

قيل انّه لمّا وصل الخبر الى امّه خرجت قطرات الدم من ثديها من شدّة الألم و الغصّة، و أقسمت عائشة- أخته من أبيه- أن لا تأكل المطبوخ بعده ابدا و كانت تدعو على معاوية و عمرو بن العاص و ابن خديج دبر كل صلاة، و لمّا بلغ ذلك أمير المؤمنين (عليه السلام) حزن و اغتم كثيرا فكتب خبر قتله الى ابن عباس في البصرة بهذه الكلمات:

«أما بعد، فانّ مصر قد افتتحت، و محمد بن أبي بكر رحمه اللّه قد استشهد، فعند اللّه نحتسبه ولدا ناصحا، و عاملا كادحا، و سيفا قاطعا، وركنا دافعا، و قد كنت حثثت الناس على لحاقه و أمرتهم بغياثه قبل الوقعة، و دعوتهم سرّا وجهرا وعودا وبدءا، فمنهم الآتي كارها، و منهم المعتلّ كاذبا، و منهم القاعد خاذلا.

أسأل اللّه تعالى أن يجعل لي منهم فرجا عاجلا، فو اللّه لو لا طمعي عند لقائي عدوّي في الشهادة، و توطيني نفسي على المنية، لأحببت ألّا ألقى مع هؤلاء يوما واحدا، و لا ألتقي بهم ابدا» .

فلمّا اطّلع ابن عباس على قتل محمد جاء الى الكوفة ليعزّي أمير المؤمنين (عليه السلام)، و جاء جاسوس لأمير المؤمنين (عليه السلام) من الشام فقال: يا أمير المؤمنين لمّا وصل خبر قتل محمد الى معاوية، صعد المنبر و خبّر الناس بذلك، ففرحوا كثيرا و أبدوا السرور بحيث لم أعهد لأهل الشام مثل ذلك السرور و الفرح، فأجابه (عليه السلام) بانّ حزنه على قتله كفرحهم لقتله بل حزنه اكثر بأضعاف من فرحهم، و قال أيضا في حقّه : انّه كان إليّ ربيبا و كنت له والدا، أعده ولدا.

ومحمد رضى اللّه أخو عبد اللّه و عون و محمد ابناء جعفر من أمّ واحدة، و أخو يحيى بن أمير المؤمنين و ابن خالة ابن عباس، و والد قاسم الفقيه بالمدينة الذي يكون جدّ الامام الصادق (عليه السلام) من الامّ.