يهتم قسم الحسابات في العتبة العسكرية المقدسة بالسيطرة على حسابات وموجودات العتبة النقدية والعينية بكل أنواعها والمدينين والدائنين والإيرادات المتنوعة وصرف هذه الإيرادات من الهدايا والنذورات والموقوفات بحسب أوجهها الشرعية والقانونية.
وللحديث عن هذا القسم والأعمال المُناطه به تحدثنا إلى السيد (ليث دغموث) معاون مسؤول قسم الحسابات في العتبة العسكرية المقدسة قائلاً:
إن قسم الحسابات من الأقسام المهمة في العتبة العسكرية المقدسة ويقع على عاتقهِ مسؤولية كبيرة و يُقسم بطبيعة عمله إلى أربعة شعب وهيَّ:
1- شعبة أمانة الصندوق:
وتكون مسؤولية هذه الشعبة على أمين الصندوق ويختص عملهُ بقبض وصرف جميع الأمور المالية للعتبة المقدسة والإيرادات التي تأتي من الهدايا والنذورات وتبرعات الزائرين وصندوق المنحة وهي الأموال الحكومية التي تمول من قبل ديوان الوقف الشيعي.
2- شعبة القيود:
تتولى هذه الشعبة مهام القيود وفق مستندات قبض وصرف ويتم تقييد وتبويب أبواب الصرف والقبوضات الموجودة حسب النظام المحاسبي الموحد وفق ترميزات وأبواب يتم تبويبها في هذه الوحدة, ووفق قيود يومية يتم تسجيلها مدين ودائن خلال شهر لتعطي النتيجة الشهرية لحساب العتبة العسكرية المقدسة وحساب المنحة وحسب تبويبات النظام المحاسبي الموحد.
3 - شعبة السجلات:
وهي على نوعين سجلات يدوية وتتكون من السجل اليومية العامة والسجل التحليلي وهي مرحلة ما بعد القيود.
 اذ يتم ترحيل السجلات إلى اليومية العامة وبعدها إلى الحسابات المختصة في السجل التحليلي سواء كانت مدين أو دائن ويتم مطابقة السجلات اليومية العامة والشهرية كميزان مراجعة كامل.
ويتم ذلك عن طريق برنامج المطابقة وهو برنامج المختصر ويكون بإستخدام النظام الإلكتروني في الحاسوب ليعطي ميزان المنحة الحكومية اي المبالغ التي تصرف على الرواتب والمصروفات التشغيلية التي تخص التمويل الحكومي.
والميزان الثاني هي المبالغ والإيرادات التي تأتي من تبرعات الزائرين والهدايا والنذورات وفتحات الشباك والغيبة وصناديق الحشد الشعبي والمضيف.
4 - شعبة الرواتب والذاتية:
وتكون مسؤولة عن كافة الأوامر الصادرة والواردة التي تدخل وتخرج من الحسابات وكذلك الرواتب والمتغيرات الشهرية والمنح لمنتسبي وخدام العتبة العسكرية المقدسة وفق النظام الداخلي.
وقد ضمَّ القسم موظفين ذو كفاءة وإختصاص في مجال الحسابات المالية والإدارية ذوي خبرات عالية، مُستمرين بأداء الأعمال والمواظبة على إستحداث الأدوات الحسابية والتي تصب في مصلحة العمل بصورةٍ متجددةٍ ومستمرة وخدمة ً لهذا المكان المقدس مرقد الإمامين العسكريين عليهم السلام.