تهيأ الامام للحرب بعد كل المحاولات والدعوة الى السلم وقد اصدر تعاليمه الى عموم جيشه وقد جاء فيها : لا تقاتلوهم حتى يقاتلوكم فانتم بحمد الله على حجة وترككم قتالهم حجة اخرى فاذا هزمتموهم فلا تقتلوا مدبرا ولا تجهزوا على جريح ولا تكشفوا عورة ولا تمثلوا بقتيل فاذا وصلتم الى رجال القوم فلا تهتكوا سترا ولا تدخلوا دارا إلا بأذني ولا تأخذوا شيئا من أموالهم إلا ما وجدتم في معسكرهم ولا تهيجوا امرأة وإن شتمن أعراضكم وتناولن امراءكم وصلحاءكم فانهن ضعاف القوى والانفس والعقول .

هذه خطته التي رسمها لجيشه وهي تمثل ما يكنه في نفسه من الرحمة والرأفة وحب الخير حتى لا عدائه ومناوئيه ؛ وعقد الامام الالوية وأمرّ الأمراء فاستعمل على الخيل عمار بن ياسر وعلى الرجالة عبد الله بن بديل ودفع اللواء الى هاشم المرقال وجعل على الميمنة الاشعث بن قيس وعلى الميسرة عبد الله بن عباس وعقد ألوية القبائل فأعطاها لأعيانهم وكذلك عبأ معاوية أصحابه على راياتهم فاستعمل عبيد الله بن عمر على الخيل وعلى الرجالة مسلم بن عقبة المري

وعلى الميمنة عبيد الله بن عمرو بن العاص وعلى الميسرة حبيب بن مسلم الفهري واعطى اللواء عبد الرحمن بن خالد بن الوليد وجعل على اهل دمشق الضحاك بن قيس الفهرى , وجعلت كتائب من جيش الامام نخرج الى فرق أهل الشام فيقتتل الفريقان نهارا كاملا أو طرفا منه ولم يرغب الامام في أن تقع حرب عامة بين الفريقين رجاء أن يجيب خصمه الى الصلح ويثوب الى الرشاد ودام على هذا الحال حفنة من الايام حتى أطل شهر المحرم وهو من الاشهر التي يحرم القتال فيها في الجاهلية والاسلام فتركوا القتال فيه وتوادعوا شهرهم كله وأتيح للقوم أن يلتقوا فيه آمنين من دون أن تقع بينهم أي حرب ولكن كان بينهم أعنف الجدال واشد الخصام يدعو العراقيون أهل الشام الى جمع الكلمة وإلى العمل بكتاب الله ومبايعة وصي رسول الله (صلى الله عليه واله) ويدعوهم أهل الشام الى الطلب بدم عثمان ورفض بيعة الامام ولما انقضى شهر المحرم مضى القوم على حربهم كما كانوا قبله وجعل مالك الاشتر ينظر الى رايات أهل الشام ويتأملها فاذا هي رايات المشركين التي خرجت لحرب رسول الله (صلى الله عليه واله) فاندفع يخاطب قومه قائلا : أكثر ما معكم رايات كانت مع رسول الله ومع معاوية رايات كانت مع المشركين على عهد رسول الله فما يشك فى قتال هؤلاء الا ميت القلب , واندفع عمار بن ياسر فجعل يبين للمسلمين واقع معاوية ويحرضهم على قتاله قائلا : يا أهل الاسلام أتريدون أن تنظروا الى من عادى الله ورسوله وجاهدهما وبغى على المسلمين وظاهر المشركين فلما أراد الله أن يظهر دينه وينصر رسوله أتى النبي فأسلم وهو والله فيما يرى راهب غير راغب وقبض الله رسوله وإنا والله لنعرفه بعداوة المسلم ومودة المجرم الا وانه معاوية فالعنوه لعنه الله وقاتلوه فانه ممن يطفئ نور الله ويظاهر اعداء الله .

إن معاوية قبل أن يسلم قد عادى الله ورسوله وبغى على المسلمين وما اسلم الا خوفا من حد السيوف التي أخذت اسرته وقد اضمر الشرك والنفاق والبغي على الاسلام والمسلمين فلما وجد أعوانا نهض بهم لمحاربة أخي رسول الله وباب مدينة علمه .