فرض الثوّار الحصار على عثمان وأحاطوا بداره وهم يهتفون بسقوطه ويطالبونه بالاستقالة من منصبه وفي أثناء تلك المحنة الحازية التي أحاطت بعثمان انبرى مروان إلى الثوّار فأشعل نار الثورة في نفوسهم ودفعهم إلى الاطاحة بحكم عثمان قائلا لهم : ما شأنكم؟ كأنّكم قد جئتم لنهب شاهت الوجوه تريدون أن تنزعوا ملكنا من أيدينا أخرجوا عنّا ؛ وكانت هذه الكلمات الطائشة قد أشعلت فتيل الحرب على عثمان ونقلت إلى الإمام أمير المؤمنين (عليه السلام) فخفّ مسرعا إلى عثمان وقال له : أما رضيت من مروان ولا رضي منك إلاّ بتحرّفك عن دينك وعن عقلك مثل جمل الظّعينة يقاد حيث يشاء ربّه والله! ما مروان بذي رأي في دينه ولا في نفسه وأيم الله لأراه يوردك ولا يصدرك وما أنا عائذ بعد مقامي هذا لمعاتبتك أذهبت شرفك وغلبت على أمرك , وتركه الإمام وانصرف عنه والثوّار قد أحاطوا به والتفتت نائلة زوج عثمان إلى مروان وبني أميّة فقالت لهم : أنتم والله! قاتلوه وميتّموا أطفاله , والتفتت إلى زوجها تحذّره من مروان قائلة له : إنّك متى أطعت مروان قتلك ؛ لقد كان مروان من أهمّ الأسباب التي أدّت إلى قتل عثمان فقد أطاعه عثمان إطاعة عمياء وهو يدفع به إلى مهالك من دون أن يحسّ عثمان بذلك.

واندلعت نيران الثورة فقد نفد صبر الثوّار فلم يستقل عثمان من منصبه وقد أحاطوا بداره وقد شهروا سيوفهم فخرج إليهم مروان مدافعا عنه فبرز إليه عروة بن شيم الليثي فضربه على قفاه بالسيف فخر لوجهه صريعا وقام إليه عبيد بن رفاعة الزرقي فأراد أن يقطع رأسه فعذلته فاطمة الثقيفة وقالت له : إن كنت تريد قتله فقد قتلته فما تصنع بلحمه أن تبضعه فاستحى منها وتركه ؛  وتسلّق الثوّار عليه الدار ولم يكن عنده أحد يدافع عنه فقد ورمت منه القلوب ومجّته النفوس ورماه الناس بالحجار ونادوه : لسنا نرميك بل الله يرميك ؛ واحتفّ به بعض الأمويّين يدافعون عنه وقد نشب بينهم وبين الثوّار قتال عنيف وقد فرّ وانهزم خالد بن عقبة بن أبي معيط من ساحة القتال وإليه يشير عبد الرحمن بن سيحان بقوله :

يلومونني في الدار إن غبت عنهم         وقد فرّ عنهم خالد وهو دارع

 وقتل من أصحاب عثمان زياد بن نعيم الفهري والمغيرة بن الأخنس ونيار بن عبد الله الأسلمي وجماعة .