لقد كان في بدنه الشريف معجزات باهرات فكان جبينه الشريف يضيء كالقمر المنير، وإذا رفع يديه في بعض الأحيان أضاءت أصابعه الشريفة كالشموع، وكان صلّى اللّه عليه و آله وسلّم ‌إذا مر بطريق عبقه من طيب بدنه و كان عرقه الشريف أطيب عطر، وأتى صلّى اللّه عليه و آله و سلّم بدلو فيه ماء فأخذ كفا من الماء و تمضمض به و صبه بالدلو فصار ذلك الماء أطيب من المسك، وكان صلّى اللّه عليه و آله و سلّم إذا قام في الأرض المشرقة من الشمس أو القمر لم يظهر له فيها ظل و هذا يدل ‌على ما أشرنا إليه من أن له جهتي روحانية و جسمانية، وكان صلّى اللّه عليه و آله و سلّم مع كونه مربوع القامة لم يظهر لأحد علو قامة عليه إذا مشى معه، وكانت الطيور لا تعلوه و لا تطير على رأسه‌ المبارك و لم يكن النوم يعطل حواسه و كان نومه و يقظته سيان، و لا يشم الروائح المنتنة ويفهم جميع اللغات و يتكلم بها، و كان خاتم النبوة منقوشا على كتفه الشريف يزيد نوره‌ على نور الشمس، وظهرت في لحيته الشريفة سبعة عشر شعرة بيضاء تلمع كالشمس، وولد صلّى اللّه عليه و آله و سلّم مختونا مقطوع السرة طاهرا من الدم و سائر القذرات ساقطا على رجليه ساجدا إلى الكعبة رافعا يديه و رأسه إلى السماء شاهدا بتوحيد اللّه و بنبوة نفسه أضاء من نوره‌ المشرق و المغرب، ولم يحتلم قط و لم ير أحد بوله و لا غائطه قط و رائحتهما كالمسك، وكانت الأرض مأمورة بابتلاعهما و لم يكن أحد يعادله في القوة قط و إذا مشى على الأرض‌ الرخوة لم يؤثر فيها قدمه و إذا مشى على الأرض الصلبة أثر فيها قدمه و بقي عليها، وكان له‌ مهابة في القلوب مع حسن أخلاقه و بشاشته و تواضعه بحيث لم يقدر أحد على التمكن من ‌امعان النظر في وجهه، ولم ينظر إليه كافر أو منافق إلا ارتعش من الخوف. ومن خوارق العادات المتعلقة بولادته انه منعت الشياطين ليلة ميلاده من الصعود إلى‌ السماء و كثرت الشهب في السماء حتى ظن الناس أن القيامة قد قامت، وبطل عمل الكهانة وسحر السحرة و انكب كل صنم في العالم على وجهه و انفطر سقف إيوان كسرى مع نهاية استحكامه و اثره باق إلى اليوم لم يختل منه غير ذلك، وجف بحر ساوه و هو قريب من بلاد كاشان كان يعبد فصار مملحة، وخمدت نار فارس و لم تنطف منذ قريب الف سنة، وجرى ‌الماء في نهر السماوة و كان يابسا منذ أعوام كثيرة، وظهر نور ساطع من طرف الحجاز و انتشر في العالم، ونكس سرير كل سلطان و خرس السلاطين في ذلك اليوم و لم يقدروا على الكلام، وحضر ولادته الملائكة المقربون و الأنبياء و المرسلون و رضوان مع الحور العين بأكواب و أباريق من الذهب و الفضة و الزمرد من الجنة غسل به و طيّب بطيب الجنة ولف في حرير الجنة و عرض على جميع الروحانيين و الملائكة فسلموا عليه. ثم لم تزل كراماته و معاجزه تنمو و تزيد كما ينمو بدنه الشريف و من جملة معاجزه‌ إخباره صلّى اللّه عليه وآله و سلّم بشهادة أمير المؤمنين عليه السّلام و أنه يضرب على رأسه في شهر رمضان ‌فتخضب لحيته الشريفة بدم رأسه، وبشهادة سبطيه و نوري عينه الحسن و الحسين عليهما السّلام ‌وأن أحدهما يقتل بالسم و الآخر شهيد مضرج بالدم و يقتل بأرض كربلاء بعد شهادة أصحابه‌ وحيدا غريبا، وأنه يدفن بضعة منه بطوس و هو مولانا الرضا عليه السّلام، و إخباره صلّى اللّه عليه و آله و سلّم بأن‌ الأئمة بعده اثنا عشر وتسميتهم بأسمائهم و بأن أمير المؤمنين عليه السّلام يقاتل بعده الناكثين ‌والقاسطين والمارقين، وأن بعض أزواجه تبغي عليه و تقاتله و هي ظالمة له و أنه تنبحها كلاب الحوأب ، وإخباره صلّى اللّه عليه وآله وسلّم بجميع الفتن التي وقعت بعده و أن أبا ذر يموت وحيدا غريبا، وبأن آخر رزق عمار من الدنيا صاع من لبن إلى غير ذلك من الخصوصيات، كأخباره صلّى اللّه عليه و آله و سلّم بملك بني أمية و ملك بني العباس و كيفية شهادة كل واحد من أولاده ‌الطاهرين ، وبقاء ملك النصارى، وإخباره بشهادة جعفر الطيار و زيد و عبد اللّه بن رواحة حين استشهدوا في غزوة مؤتة ، وبقتل حبيب بن عدي في مكة ، وبالمال الذي اخفاه عمه العباس في مكة.

و من جملة معاجزه (صلى الله عليه واله) اطاعة الشمس له في التوقف عن الغروب مرة وفي الطلوع بعد الغروب اخرى، واطاعة الشجرة له بالإتيان حتى انقلعت من مكانها وخدت الارض جارة عروقها مغيرة فوقفت بين يديه وسلمت عليه ثم رجعت بأمره الى مكانها كما هو مذكور في نهج البلاغة، وتسليم الاحجار عليه وتظليل الغمامة على راسه دون القوم في طريق الشام، وتظليل الملكين عليه حين راته خديجة ونساؤها وعبدها مسيرة، وتسبيح الحصا في كفه المبارك وظهور البركات والآيات في بني سعد بإرضاع حليمة السعيدة اياه، ونبات الشعر من رؤوس الاقرعين من الصبيان بإمرار يده الشريفة عليها، وانفجار البئر التي شكا اهلها ملوحتها بالماء  الزلال وكانت غائرة، واعطائه رجلا عرجونا في ليلة مظلمة فأضاء له، واعطاء اخر قطعة من جريد النخل خضراء حين اشتكى انقطاع سفينة فصارت سيفا في يده، والقاء بصاقة على كف ابن عفر المقطوعة فالتصقت من ساعته، وداؤه آية للدوسي ليدعو قومه الى الاسلام فوقع بين عينيه مثل المصباح ثم حول ذلك الى راس سوطه لما خاف ان يظنوا به المثلة، وعصمه الله ممن كان يؤذيه من المستهزئين ورد كيدهم عليهم، وحيلولة جبرائيل بينه وبين ابي جهلا (لعه) في صورة فحل او اسد قدر الفحل من الابل حين اراد القاء الصخرة عليه في سجوده، وخلق الله عز وجل شجرة من فم الغار الذي اختفى فيه  والهامه تعالى حمامتين وحشيتين فعشعشتا وباضتا عنده وتسخيره تعالى العنكبوت لينسج نسجا عظيما لا يمكن مثله الا في سنين عديدة ليرجع عنه المشركون الذين كانوا في طلبه، الى غير ذلك من المعجزات الباهرات والآيات القاهرات والدلائل الواضحات والبراهين الساطعات مما يحتاج شرحها وبيان تفاصيلها الى كتاب كبير الحجم.