كان عصر الإمام (عليه السَّلام)عصر تلاقح وتضارب الأفكار، وظهور الفرق والطوائف والتيارات المختلفة، وانبثقت شبهات وإشكاليات متعدّدة جرّاء تضارب عقائد المسلمين مع عقائد أهل الكتاب وفلاسفة اليونان أيضاً.

وقد ظهرت تيارات وفرق، مثل المعتزلة، الجبرية، المرجئة، الغلاة، الزنادقة، المشبّهة، المتصوّفة، المجسمة، والتناسخية وغيرها في ذلك العصر، وكانت كلّ فرقة تروّج أفكارها وعقائدها، وفضلاً عن ذلك كان الخلاف يدبّ في العلم الواحد من العلوم الإسلامية بين علماء ذلك العلم فعلى سبيل المثال كانت تحدث مناقشات حادة في علوم القراءة والتفسير والحديث والفقه والكلام، وكان كلّ واحد يدافع عن رأيه بشكل ما ويصوب عقيدته.

ونظراً لتوفر الفرصة السياسية المناسبة وحاجة المجتمع الماسّة واستعداد الأرضية الاجتماعية، واصل الإمام الصادق جهوده في النهضة العلمية والثقافية التي ابتدأها أبوه الإمام محمد الباقر وأسّس مدرسة وجامعة علمية كبيرة علّم وربى فيها تلامذة كباراً وبارزين; أمثال هشام بن الحكم، محمد بن مسلم، أبان ابن تغلب، هشام بن سالم، مؤمن الطاق، المفضل بن عمر، و جابر بن حيان و... في مختلف المجالات العقلية و النقلية، و قد ناهز عدد تلامذته الأربعة آلاف طالب كما قالوا.

وكان كلّ واحد من هؤلاء الطلاب شخصية علمية كبيرة متألّقة، وقد قدّموا خدمات كبيرة، وكان لبعض منهم مؤلفات علمية وتلامذة كثيرون، فمثلاً كان لهشام بن الحكم واحد وثلاثون كتاباً ، وألّف جابر بن حيان أكثر من مائتي كتاب في مواضيع علمية مختلفة لا سيما العلوم العقلية والطبيعية والكيمياوية وقد اشتهر لذلك بأبي علم الكيمياء وقد ترجمت كتبه في القرون الوسطى إلى لغات أُوروبية عديدة، وقد أطرى مؤرّخو العلوم جميعهم عليه.